代扣代缴个人所得税是行政法规税法规定的义务。法院属于司法执法。不是行政执法。法院判企业支付工资，企业执行司法程序按判决书支付工资。同时企业又必须执行税务行政法规，支付工资时代扣个人所得税。这是企业执行必须执行的两个法。即执行司法法规和执行行政法规。

一、补充养老保险扣税吗

《个人所得税法实施条例》第二十五条按照国家规定，单位为个人缴付和个人缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金，从纳税义务人的应纳税所得额中扣除。所以不是基本的不能扣除。

《财政部、国家税务总局关于补充养老保险费、补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》（财税〔2009〕27号）规定：

自2008年1月1日起，企业根据国家有关规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，在不超过职工工资总额5％标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除。

企业为员工缴纳的免税保险外的保险所得，在办理投保手续时应作为个人所得税的工资、薪金所得项目，按税法规定缴纳个人所得税。公司可按以上规定办理代扣代缴个人所得税事项。

二、《工资支付暂行条例》

第十五条规定，用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：

(一)用人单位代扣代缴的个人所得税；

(二)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；

(三)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；

(四)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。

第十六条规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

第十七条规定，用人单位应根据本规定，通过与职工大会、职工代表大会或者其他形式协商制定内部的工资支付制度，并告知本单位全体劳动者，同时抄报当地劳动行政部门备案。

第十八条规定，各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：

(一)克扣或者无故拖欠劳动者工资的；

(二)拒不支付劳动者延长工作时间工资的；

(三)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。

经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。

第十九条规定，劳动者与用人单位因工资支付发生劳动争议的，当事人可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。

三、劳务公司代开工资发票怎么开？

1、由劳务用工单位直接发放工资,工资部分能开发票。2、劳务用工企业支付此类人员费用时，不得直接“自制工资单”入账，而应提醒并督促独立劳务工个人去税务部门按照规定缴纳相关税费后申请代开。“税务发票”交用工单位入账并作为合法凭证在税前列支扣除，同时劳务用工单位对于该类人员所得也应按照“劳务报酬所得”主动代扣代缴个人所得税。