甲公司与乙公司签订一份联合开发房地产合同，合同约定：如双方发生纠纷，协商不成，可向当地仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼。双方发生纠纷后，甲公司认为合同中约定的仲裁机构不确定且未排除法院管辖，遂向当地基层法院丙提起诉讼，丙法院审查后认为双方约定的仲裁协议无效，遂受理了此案。在答辩期内，乙公司提出异议，认为双方约定的仲裁协议有效，丙法院无管辖权。本案存在以下问题：

问题一：乙公司应提出管辖权异议还是确认仲裁协议效力之诉。《最高人民法院关于适用若千问题的意见(以下简称《民诉法的意见》)第147条又规定：因仲裁条款或协议无效、失效或者内容不明确，无法执行而受理的民事诉讼，如果被告一方对人民法院的管辖权提出异议的，受诉人民法院应就管辖权作出裁定。这一规定显然从司法解释的角度确立了被告的异议属于管辖权异议的范畴。

所谓确认仲裁协议效力之诉，是指当事人请求人民法院确认仲裁协议有效或者无效的诉讼。确认仲裁协议效力之诉的法律依据有两个，一是《中华人民共和国仲裁法》(以下简称《仲裁法》)，该法第二十条规定：当事人对仲裁协议的效力有异议的，可以请求仲裁委员会作出决定或者请求人民法院做出裁定。一方请求仲裁委员会作出决定，另一方请求人民法院作出裁定的，由人民法院裁定。二是《最高人民法院关于确认仲裁协议效力几个问题的批复》(以下简称《关于确认仲裁协议的批复》)第三条规定：当事人对仲裁协议的效力有异议，一方当事人申请仲裁机构确认仲裁协议效力，另一方当事人请求人民法院确认仲裁协议无效，如果仲裁机构先于人民法院接受申请异议作出决定，人民法院不予受理;如果仲裁机构接受申请后尚未作出决定，人民法院应予受理，同时通知仲裁机构终止仲裁。第四条规定：一方当事入就合同纠纷或者其他财产权益纠纷申请仲裁，另一方当事人对仲裁协议的效力有异议，请求人民法院确认仲裁协议无效并就合同纠纷或者其他财产权益纠纷起诉的，人民法院受理后应当通知仲裁机构中止仲裁。人民法院依法作出仲裁协议有效或者无效的裁定后，应当将裁定书副本送达仲裁机构，由仲裁机构根据人民法院的裁定恢复仲裁或者撤销仲裁案件。

从上述规定可以看出，所谓就仲裁协议向人民法院提出管辖权异议与确认仲裁协议效力之诉的区别仅在于一个是在人民法院受理一方当事人起诉民商事案件后，另一方当事人在答辩期内提出的，而另一个是一方当事人单独向人民法院提起的确认之诉。即主动提出与被动提出的区别。而其实质只有一个，即双方当事人对仲裁协议的效力产生了争议，人民法院应当予以确认。

问题二：丙法院能否对乙公司提出的管辖权异议作出裁定。《民诉法的意见》第145条规定：依据民事诉讼法第一百一十一条第(二)项的规定，当事人在书面合同中订有仲裁条款，或者在发生纠纷后达成书面仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院裁定不予受理，告知原告向仲裁机构申请仲裁。但仲裁条款、仲裁协议无效、失效或者内容不明确无法执行的除外。第146条规定：当事人在仲裁条款或协议中选择的仲裁机构不存在，或者选择裁决的事项超越仲裁机构权限的，人民法院有权依法受理当事人一方的起诉。可见，丙法院受理甲公司的起诉并无不当。同时依据该意见第147条的规定，丙法院应当就乙公司的管辖异议作出裁定，因为上述规定并未就基层法院排除在外。而问题是丙法院如果作出了管辖权裁定，无论是驳回甲公司起诉还是驳回乙公司的管辖权异议，均需对仲裁协议的效力进行确认，不管是有效还是无效。而最高人民法院《关于当事人对仲裁协议的效力提出异议由哪一级人民法院管辖问题的批复》(以下简称《仲裁协议效力管辖的批复》)的司法解释，该批复规定：当事人协议选择国内仲裁机构后，一方对仲裁协议的效力有异议请求人民法院作出裁定的，由该仲裁委员会所在地的中级人民法院管辖。

问题三：假如甲公司的起诉由中级人民法院受理，该法院应适用何程序来审理。如果甲公司的起诉是由中级法院受理的，乙公司的管辖权异议是在第一审普通程序审理过程中提出来的，人民法院当然应当适用第一审普通程序来审理。乙公司对丁法院所做的管辖权裁定不服，也可向上级人民法院提起上诉，由上级法院作出终审裁定。

上述法律或司法解释的冲突，笔者认为，根据新法优于旧法的原则以及特别法优先原则，应优先适用《仲裁法》以及《确认仲裁协议效力的批复》及《仲裁协议效力管辖的批复》两个司法解释，当事人不能就仲裁协议效力问题做为管辖权异议提出，而应当单独提起确认仲裁驳回效力之诉，原案件应中止审理，待中级人民法院作出裁定后，原案件恢复审理或驳回起诉。根据特别程序优先原则，确认仲裁协议效力案应适用特别程序审理，实行一审终审制。