需要扣除底薪。

在劳动合同中可以约定“工资已包含加班费”，但合同条款不能显失公平，同时要满足以下条件：

1.劳资双方约定的加班工资数目和加班时间必须明确，简单地规定月工资包含加班费有避重就轻之嫌。

2.约定“工资已包含加班费”的加班时间，最多不可超过《劳动法》规定的每月36小时的限额。如果约定的加班时间超过每月36小时，超出部门应视为违法超时加班，应当另行计算加班费。

3.折算后正常工作时间工资，不得低于当地最低工资标准。如果折算后的时薪低于法定最低工资标准，超过法定工作时间为加班时间，加班工资以最低工资标准，按法律规定标准计算。

因此，当用人单位与劳动者事先约定工资标准中包含加班费，却未约定加班费的具体数额，由此合同条款产生歧义时，如果实际执行中确实既有平时延长工作时间，又有休息日和法定节假日加班的情况，用人单位应补足劳动者加班费差额。

节假日加班工资也算工资中的一部分，《工资支付暂行规定》中规定了工资可以用来代缴社会保险费用。劳动法第五十一条规定：“劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。”《工资支付暂行规定》中第十五条规定用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资。

(一)用人单位代扣代缴的个人所得税；

(二)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；

(三)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费。

(四)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。

一、劳动法加班费规定

《劳动法》第三十一条

用人单位应当严格执行劳动定额标准，不得强迫或者变相强迫劳动者加班。用人单位安排加班的，应当按照国家有关规定向劳动者支付加班费。

国家规定的加班费计算方法

平时晚上的加班费是本人工资的150%，双休日是200%，国定假日是300%。但这只是国家规定的比例，加班

费发放额的关键是工资基数。算定方法加班工资的基数又该如何确定？人社部的这位负责同志介绍说，劳动合同中对工资有约定的，按不低于劳动合同约定的劳动者本人所在岗位相对应的工资标准确定。在具体折算时，劳动者还需要了解相应的规则。正常情况下，用人单位按月发放的工资中不包括休息日的工资。目前，职工全年月平均工作天数和工作时间分别为20.83天和166.64小时，而全年月平均计薪日和计薪时数分别为21.75天和174小时，职工的日工资和小时工资按计薪时间进行折算。计算方法为：法定节假日加班工资=月工资基数÷21.75天×300%×加班天数，休息日加班工资=月工资基数÷21.75天×200%×加班天数。