1、被投资企业有多年累积的未分配利润和盈余公积时，法人转让股权的转让价格中含有被投资企业多年累积的未分配利润和盈余公积与转让方股东所占股权比例的乘积部分，而使股权转让价格是溢价转让从而使转让方股东多缴纳企业所得税。

2、核定应税所得率方式核定征收企业所得税的企业，发生股权(股票)转让时，按照转让收入扣除股权(股票)投资成本作为应税收入额，使企业少缴纳料企业所得税。

一、相关法律依据

1、企业所得税

(1)企业在一般的股权(包括转让股票或股份)买卖中，应按《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》(国税发(2000)118号，废止)有关规定执行。股权转让人应分享的被投资方累计未分配利润或累计盈余公积金应确认为股权转让所得，不得确认为股息性质的所得。

(2)企业进行清算或转让全资子公司以及持股95%以上的企业时，应按《国家税务总局关于印发的通知》(国税发(1998)97号，废止)的有关规定执行。投资方应分享的被投资方累计未分配利润和累计盈余公积应确认为投资方股息性质的所得。为避免对税后利润重复征税，影响企业改组活动，在计算投资方的股权转让所得时，允许从转让收入中减除上述股息性质的所得。

(3)按照《国家税务总局关于执行需要明确的有关所得税问题的通知》(国税发(2003)45号)第三条规定，企业已提取减值、跌价或坏帐准备的资产，如果有关准备在申报纳税时已调增应纳税所得，转让处置有关资产而冲销的相关准备应允许作相反的纳税调整。因此，企业清算或转让子公司(或独立核算的分公司)的全部股权时，被清算或被转让企业应按过去已冲销并调增应纳税所得的坏帐准备等各项资产减值准备的数额，相应调减应纳税所得，增加未分配利润，转让人(或投资方)按享有的权益份额确认为股息性质的所得。

(4)企业股权投资转让所得或损失是指企业因收回、转让或清算处置股权投资的收入减除股权投资成本后的余额。企业股权投资转让所得应并入企业的应纳税所得，依法缴纳企业所得税。

(5)企业因收回、转让或清算处置股权投资而发生的股权投资损失，可以在税前扣除，但每一纳税年度扣除的股权投资损失，不得超过当年实现的股权投资收益和投资转让所得，超过部分可无限期向以后纳税年度结转扣除。

2、营业税

根据《财政部、国家税务总局关于股权转让有关营业税问题的通知》(财税191号)规定：

(1)以无形资产、不动产投资入股，与接受投资方利润分配，共同承担投资风险的行为，不征收营业税。

(2)自2003年1月1日起，对股权转让不征收营业税。

3、契税

根据规定，在股权转让中，单位、个人承受企业股权，企业的土地、房屋权属不发生转移，不征契税；在增资扩股中，对以土地、房屋权属作价入股或作为出资投入企业的，征收契税。”

4、印花税

股权转让存在两种情况：一是在上海、深圳证券交易所交易或托管的企业发生的股权转让，对转让行为应按证券(股票)交易印花税3‰的税率征收证券(股票)交易印花税。二是不在上海、深圳证券交易所交易或托管的企业发生的股权转让，对此转让应按1991年9月18日《国家税务总关于印花税若干具体问题的解释和规定的通知》(国税发1号)文件第十条规定执行，由立据双方依据协议价格(即所载金额)的万分之五的税率计征印花税。

二、股权原值怎么确认？

确认方式如下：一、以现金出资方式取得的股权，按照实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值。二、以非货币性资产出资方式取得的股权，按照税务机关认可或核定的投资入股时非货币性资产价格与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值；三、通过无偿让渡方式取得股权，具备股权转让收入明显偏低，视为有正当理由所列情形的，按取得股权发生的合理税费与原持有人的股权原值之和确认股权原值。四、被投资企业以资本公积、盈余公积、未分配利润转增股本，个人股东已依法缴纳个人所得税的，以转增额和相关税费之和确认其新转增股本的股权原值。