一、甲方扣民工工资保证金的行为是否合法?

合法，启用保证金支付农民工工资后，劳动部门将责令责任单位在30日内等额补缴已启动支付的保证金。逾期未补缴的，建设工程项目部门对在建工程予以停工，已竣工项目不予验收。同时，建设工程项目审批部门和劳动保障部门将责任单位记入信用档案，通报批评并向社会曝光;情节严重的，依法予以处罚。

国家只是规定需要交纳农民工的保证金，但是交纳比例每个地区都略微不同，具体数目由各地的政府决定。下面是某地区关于农民工的保证金交纳比例的规定。

退取农民工工资保证金应提供的资料。

1、法定代表人授权委托书;

2、退款人身份证原件及复印件;

3、建设工程验收合格意见书原件及复印件;

4、务工人员工资发放花名册(工程竣工最后三个月);

5、缴纳保证金发票原件及复印件;

6、退款前一个月“结清务工人员工资通告”的照片(通告应张贴在工程地醒目位置公示一个月以上，并注明绥阳县劳动保障监察大队投诉电话);

7、工程期间的劳动用工合同或每月用工登记台帐;

8、建筑企业要求退取务工人员工资保证金的申请。工程竣工验收合格60日后，建筑企业可以申请退还务工人员工资支付保证金。

二、四种情况下可支取保证金

有下列四种情形之一时，经劳动保障部门查证属实后可以支取保证金：

1、建设企业未依法及时结算农民工工资，拖欠农民工工资的;

2、建设单位或建设企业非法转包、分包建设工程，导致用工主体不具有法人资格而发生拖欠农民工工资行为的;

3、建设单位或建设企业法人代表或工程负责人隐匿逃跑或死亡，造成拖欠农民工工资的;

4、其他被认为拖欠农民工工资的。

工程交工后，建设单位在施工现场农民工集散场所公示本建设项目的竣工日期、工资结算结果等情况，公示时间不得少于15个工作日。凡无拖欠的，由银行将保证金本金及活期利息一次性退还缴费单位。

这里的甲方其实主要就是指发包方，发包方一般情况下会按照工程合同价款的3%扣除民工工资保证金，所以民工工资保证金等于是需要施工单位自己缴纳的。不过，民工工资保证金在正常情况下都是可以如数退还的，比如在工程竣工以后，建设单位已经全部支付了民工的工资，可凭借相关的材料提取保证金。