公司代缴个人所得税退税目前可以通过手机APP进行申请，也可以直接到税务部门申请办理，具体程序如下：

1、下个人所得税APP，注册账号，登陆账号。个人所得税APP非常智能，注册好之后，在个人中心完善个人信息，并添加银行卡，这张银行卡就是税款将要退回的地方。

2、查询年度的纳税明细。可以在首页的“收入纳税明细查询”一栏中查询，里面有年度和每个月的的收入金额和已申报税额。

3、在办税界面-税费申报-综合所得汇算申报处进行申报。默认的是简易申报，系统已经自动计算出退税金额。如果需要调整申报数额，可以切换到“标准申报”进行办理。确认提交后就可以申请退税啦。

4、等待。在服务界面-申报信息查询中，点击申报查询可以查看退税的进度。

需要注意的是，为方便纳税人获取退税，纳税人年度综合所得收入额不超过6万元且已预缴个人所得税的，税务机关在网上税务局(包括手机个人所得税APP)提供便捷退税功能，纳税人可以通过简易申报表办理年度汇算退税。

一、办理个税退税的时间要多久？

凡按规定需要经审批的五项提退，由纳税人向所管辖的基层分局提出申请，填写《退税申请审批表》并提供有关资料，分局管理科审核纳税人的有关退税资料，转分局长签署意见后报县局征收计会科，再报分管局长审批。手续齐全的，自申请之日起30天内予以办理。退税手续办理完毕后，由纳税人到退税的开户银行领取《收入退还书》收账通知联。

根据《财政部国家税务总局关于基本养老保险费基本医疗保险费失业保险费住房公积金有关个人所得税政策的通知》的规定，

个人按照国家或省(自治区、直辖市)人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，允许在个人应纳税所得额中扣除。

根据《税收征收管理办法》第五十一条的规定，纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起3年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还；

涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。因此，多缴纳的个人所得税可向主管税务机关申请退还。