根据1999年最高人民检察院《关于人民检察院直接立案侦查案件标准的规定（试行）的规定，挪用公款涉嫌下列情形之一的，应予立案：

1、挪用公款归个人使用，数额在5000元至1万元以上，进行非法活动的

根据最高人民法院1998年4月6日通过的《关于审理挪用公款案件具体应用法律若干问题的解释》和《刑法》第384条的规定，挪用公款归个人使用，包括挪用者本人使用或者给他人使用，也包括挪用公款给私有公司、私有企业使用。所谓“进行非法活动”，既指进行犯罪活动，也包括进行违法活动。从法律规定的字面意义看，挪用公款归个人使用进行非法活动的，都应当追究刑事责任，在制定立案标准的时候，考虑到，如果挪用公款进行非法活动，数额较小，社会危害性不大的，还是应当体现刑法的谦抑性，不应当按照犯罪追究刑事责任。犯罪应当是危害行为达到需要追究刑事责任程度的行为。基于这种认识，最高人民检察院的立案标准规定：挪用公款归个人使用，进行非法活动的，挪用数额达到5000元至1万元以上的，检察机关应当立案侦查。对挪用公款归个人使用，进行非法活动类型的挪用公款立案，不受挪用时间的限制。对于为达到这个数额标准的，不应当作为犯罪处理，可由其所在单位或者上级主管部门给予相应的行政处分。

2、挪用公款数额在1万元至3万元以上，归个人进行营利活动的

刑法将挪用公款罪区分为三种情况进行规定，每一种情况反映出不同的社会危害性。挪用公款归个人进行营利活动，相对于进行非法活动来讲，其社会危害性显然要小的多，所以，最高人民检察院在制定立案标准的时候，将进行营利活动类型的挪用公款立案条件规定为1万元至3万元以上。所谓“进行营利活动”，是指将挪用的公款用于投资、经营等以营利为目的的活动，至于该投资、经营活动是否真的营利则不是法律所要考虑的问题，即使是亏损，该种行为的性质仍然是营利活动。

3、挪用公款归个人使用，数额在1万元至3万元以上，超过3个月未还的

这种情形的挪用公款罪主要是指，将挪用的公款用于个人生活、消费或者享乐。对这种类型的挪用公款行为立案侦查需要掌握两点：一是挪用数额达到1万元至3万元以上；二是挪用时间超过3个月未还，两个条件，缺少任何一个都不能立案。所谓“超过3个月未还”是指被司法机关、主管部门发现前已超过3个月未还。如果行为人在3个月内全部归还本息的，一般不按犯罪处理，可由主管部门按照违反财经纪律处理。如果在案发前，行为人已经将挪用的公款本息归还，但归还的时间超过了3个月，仍然要追究刑事责任，但可以考虑从轻或者减轻处罚。

对挪用公款犯罪立案标准规定一定的数额幅度是一个特例，这主要是考虑该种行为侵害的客体是公共财产的管理秩序，相对于贪污等犯罪来讲其危害性要小一些。同时也考虑到各地的经济、社会、文化发展水平不同，对挪用公款行为的社会危害性认识程度、社会感受程度不同。在以往的实践中各地已有一些标准，事实上存在着差别。因此，立案标准，既对不同类型的挪用公款行为规定了不同的立案数额。时间标准，又规定各省级检察院可以根据本地情况，在最高人民检察院规定的立案标准幅度内，自行规定本省范围内掌握的立案数额标准并向最高人民检察院备案，尊重各地的实际情况，给各地一个选择的余地。