征地补偿款发放部门有被征收土地所在地的市、县人民政府土地行政主管部门。根据相关法律规定，征收土地的安置补助费必须专款专用，不得挪作他用。需要安置的人员由农村集体经济组织安置的，安置补助费支付给农村集体经济组织，由农村集体经济组织管理和使用；由其他单位安置的，安置补助费支付给安置单位；不需要统一安置的，安置补助费发放给被安置人员个人或者征得被安置人员同意后用于支付被安置人员的保险费用。

一、征地补偿款发放部门都有哪些

征地补偿款发放部门有被征收土地所在地的市、县人民政府土地行政主管部门。

根据《土地管理法实施条例》第二十五条第二款的规定，被征收土地的所有权人、使用权人应当在公告规定的期限内，持土地权属证书到公告指定的人民政府土地行政主管部门办理征地补偿登记。

第二十六条第二款规定，征收土地的安置补助费必须专款专用，不得挪作他用。需要安置的人员由农村集体经济组织安置的，安置补助费支付给农村集体经济组织，由农村集体经济组织管理和使用；由其他单位安置的，安置补助费支付给安置单位；不需要统一安置的，安置补助费发放给被安置人员个人或者征得被安置人员同意后用于支付被安置人员的保险费用。

二、二次征地补偿款的具体发放程序是怎样的

具体程序如下：1、公告。依照法定程序批准征收土地后，由被征收土地所在地的市、县人民政府公告，将批准征地机关、批准文号、征收土地的用途、范围、面积以及征地补偿标准、农业人员安置办法和办理征地补偿的期限等，在被征收土地所在地乡(镇)、村予以公告。

2、登记。被征收土地的所有权人、使用权人在公告规定期限内到公告指定的人民政府土地行政主管部门办理征地补偿登记。

3、公告、征地补偿方案。市、县人民政府土地行政主管部门根据经批准的征收土地方案，会同有关部门拟订征地补偿、安置方案，在被征收土地所在地的乡(镇)、村予以公告，听取被征收土地的农村集体经济组织和农民的意见。征地补偿安置方案报市、县人民政府批准后，由市、县人民政府土地行政主管部门组织实施。

4、争议的处理。对补偿标准有争议的，由县级以上地方人民政府协调;协调不成的，由批准征收土地的人民政府裁决。争议不影响征地方案的实施。

5、补偿费用的支付。土地补偿费归农村集体经济组织所有;地上附着物及青苗补偿费归地上附着物及青苗所有者所有。安置补助费专款专用，根据需要安置人员的安置情况支付。