公诉案件开庭后证据不足的，不能认定被告人有罪。根据我国《刑事诉讼法》的规定，证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。

一、证据不足但我已经认罪了怎么办

根据我国法律规定，对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚，所以当证据不足但是被告人已经认罪时，法院也不能认定被告人有罪的，需要作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。

二、疑罪从无含义是什么

疑罪从无，是指刑事诉讼中，公安机关、检察院、法院对犯罪嫌疑人或者被告人的犯罪事实不清，证据不确实、充分，应当不追究刑事责任，依法作出撤案、不起诉和宣告无罪。我国刑事诉讼程序为侦查、审查起诉、审判三个阶段，刑事诉讼法对疑罪从无原则在这三个阶段的适用分别规定了不同的处理方式：审判阶段是适用疑罪从无的典型阶段，我国刑事诉讼法规定，证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足，指控罪名不能成立的无罪判决。审查起诉阶段检察机关享有选择适用疑罪从无的原则的权利，刑事诉讼法规定，对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。公安机关在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件;犯罪嫌疑人已被逮捕的，应当立即释放，发给释放证明，并且通知原批准逮捕的人民检察院。

三、取保候审无犯罪记录证明会显示吗

取保候审期间可以开具无犯罪记录证明。因为案件还没有经过法院判决，是不能认定有罪的。至于无犯罪记录干什么用、证明是否备注负案在身，都要由公安机关根据具体情况决定。相关规定：《公安机关出具有无违法犯罪记录证明工作规定》规定，本规定所称的违法犯罪记录证明事项不包括以下情形：1、因没有犯罪事实（含证据不足，不能认定有罪），或者有《刑事诉讼法》第十五条规定情形之一，检察机关作出的不起诉决定和法院作出的无罪判决。2、拘传、取保候审、监视居住、刑事拘留、逮捕等刑事强制措施信息。