(一)国家土地征收权的滥用现代法治国家出于对私法主体合法财产权益保护的需要，通常将土地征收限定在公共利益范围内。如《法国民法典》第545条规定，任何人不得被强制转让其所有权，但因公用并在事前受公正补偿时，不在此限，《德国基本法》第14条第3款和《意大利民法典》第834条也有类似的规定。我国土地征收制度也不例外。我国现行《宪法》和《土地管理法》也明文规定，土地征收必须基于公共利益目的。但法律法规却没有进一步明确地限定公共利益的范围和判断标准。相反的是我国《土地管理法》第四十三条规定，任何单位和个人进行建设，需要使用土地的，必须依法申请使用国有土地;但是，兴办乡镇企业和村民建设住宅经依法批准使用本集体经济组织农民集体所有的土地的，或者乡(镇)村公共设施和公益事业建设经依法批准使用农民集体所有的土地的除外。前款所称依法申请使用的国有土地包括国家所有的土地和国家征用的原属于农民集体所有的土地，此条规定实际上是将土地征收权扩展到了整个经济建设用地，将本应以市场行为获得的商业性开发用地也纳入国家土地征收权的客体范围，导致民事主体的私权被国家公权力不正当地剥夺。

(二)国家垄断建设用地使用权的一级市场现行的《土地管理法》规定我国实行土地用途管制，农用地转为建设用地受到严格限制。同时，通过该法第43条的规定限定，任何单位和个人进行建设，需要使用土地的，必须依法申请使用国有土地。由此，国家为集体土地使用权进入市场自由流转设置了法律障碍，其不能直接进入市场流转和增值。由于我国土地征收的补偿采取按土地原用途补偿的标准而非市场价值标准，廉价的土地征收成本使政府在征地中获取了本应属于农民的土地征收与土地出让之间的差价利益。从而土地征收权成为国家获利的工具，不仅导致原权利人与国家之间经济关系的显示公平，也不符合国家征收权的宗旨。这也是土地征收中腐败问题的制度根源。

(三)补偿不够，农民利益缺乏保障

国家在征收土地时，必然要对土地权利人的财产权利造成损失，而这种损失并非权利人依法所应承担的风险、支出或牺牲，因此国家必须给予公平的补偿，使其恢复或维持原有的财产状况。从西方国家的补偿政策来看，其旨在最大限度的弥补被征收人因征收造成的财产变动而引起的损失，基本特点是以市场交易规则作为补偿的依据，且补偿的范围很广，项目细化、确定。

在我国，按照我国《土地管理法》第47条的规定，征用土地的，按照被征用土地的原用途给予补偿，征用耕地的土地补偿费用包括土地补偿费、安置补助费以及地上附着物和青苗的补偿费，征用耕地的土地补偿费为该耕地被征用前3年平均年产值的6—10倍，安置补助费为该耕地被征用前3年平均年产值的4—6倍，地上附着物和青苗的补助费标准由省、自治区、直辖市规定。此种补偿机制基本上延用了计划经济时代的做法，以土地过去年均产值作为确定补偿费用标准，不能反映市场对土地的真实价值的评价，未考虑到农用地转为国家建设用地的土地价值的升值潜力。并且对于确定地上附着物和青苗的补助费标准的依据是什么，我国现行法律并没有涉及，导致各地执行不一致，土地行政管理部门的自由裁量权过大。

关于补偿费用的分配，按照《土地管理法实施条例》第26条的规定，土地补偿费归农村集体经济组织所有，地上附着物及青苗补偿费归其所有者所有。但法律却并没有规定土地补偿费的处分规则，由于我国集体所有权的主体虚位，土地补偿费实际上被少数管理者所控制，农民利益极易被侵害。