两者关系非常清晰，在实质上是两种存在很大区别的行政程序。具体来说，专利复审只是申请人认为是审查出现错误而又一次要求专利部门重新审核，而行政复议就是申请人认为专利部门的决定侵犯到自己的专利权而提起的。具体如下所述：

1、主体之间的关系不同

我国行政复议有“条条管辖”和“条块管辖”之分，但无论何种复议方式，被申请人与复议机关都是领导(指导)与被领导(被指导)的关系，主体之间的行政地位一般是不平等的(省部级“自我管辖”的除外)。

反观专利复审制度，专利局与专利评委均是国家工商总局的司局级内设机构，不存在领导(指导)与被领导(被指导)的关系，二者属于平级单位。

2、提出的方式不同

《行政复议法》第11条规定，行政复议既可书面提出，也可口头提出。口头提出的，复议机关应当记录申请人基本情况、复议请求、主要事实、理由和时间等事项。专利复审中未见有可口头提出的规定，实践中也需采用书面形式，具有“要式性”。

3、审理范围不同

虽然专利复审和行政复议都属于全面审查，但行政复议是对具体行政行为合法性和合理性的审查，专利复审是对专利的可注册性和可维持性的审查，是对争议本身的审查，并不对专利局的决定作出评述。同时，《行政复议法》第29条规定，申请人在申请行政复议时可以一并提出行政赔偿请求，行政复议机关在符合国家赔偿规定时，在作出复议决定时应当同时决定对被申请人给予赔偿，商评委则没有受理赔偿申请的职权。

4、可否附带审查不同

根据《行政复议法》第7条，申请人在提出行政复议时可以同时请求对行政机关做出具体行政行为所依据的规范性文件进行附带审查，除国务院部委规章和地方政府规章外的其他规范性文件都属于可附带审查范围。商评委则没有“附带审查”的职权。

5、审理期限不同

《行政复议法》第31条规定作出复议决定的期间是受理申请后60日，法律可以作更短的规定(但不可做更长的规定)。特殊情况下需要延长的，经复议机关负责人批准，可以延长30日。换言之，行政复议的期限以90天为限。相比之下，专利复审的期限要长得多，如驳回复审和撤销复审的审理期限是9个月，经国家工商总局批准，还可以延长3个月。不予注册复审的审理期限为12个月，经批准后还可以延长6个月。

6、处理方式不同

根据《行政复议法》第28条规定，复议机关可以根据具体行政行为在事实认定和法律适用方面的具体情况而定，分别作出维持、撤销、变更、确认行政行为违法的复议决定，对因行政机关不作为而申请复议的案件，还可以作出限期履行决定。

比较而言，专利复审案件的处理方式单一得多，以驳回复审为例：商评委只能作出驳回决定(不同于“维持”决定)或(部分)初审决定(不同于“撤销”决定)，无法作出“确认违法”决定。且申请人申请复审正是由于对专利局审查决定的不服，商评委也不存在作出“履行决定”的事实基础。

7、“复议期间”对原行为处理方式不同

行政复议中原则上不停止原决定的执行(原决定保持有效，除非被撤销或改变)。而专利复审期间原决定并未生效。不仅如此，由于专利复审后商评委将重新做出了一个审查决定，若不进入行政诉讼，后期也是对商评委决定的执行，不会回过头去执行专利局决定。也即，一旦复审就意味着专利局的决定将不发生效力。

8、行政诉讼时被告不同

专利复审中无论是作出何种决定，提起行政诉讼的被告都是商评委。

行政复议中诉讼的被告需视具体情况而定：复议维持案件中，原作出具体行政行为的机关和复议机关为共同被告；复议改变的，复议机关单独作被告；复议机关不作为的，当事人可选择原机关或复议机关作被告(选择告)。

9、起诉的期间不同

根据《行政诉讼法》第45条规定，除“复议终局”的案件外，经过行政复议后提起行政诉讼的期间是收到复议决定之日起15日，法律可作出例外规定。

专利复审是进入行政诉讼的前提，可以视为是《专利法》规定的“复议前置”，而《专利法》规定的起诉期间为收到通知之日起的30日内。《专利法》是全国人大常委会制定的法律，有权作出例外规定。