1、职务发明的范围太宽，限制了研究人员的灵活创造的空间。

我国的专利法规定，职务发明指是利用本单位的物质条件所完成的职务发明创造。包括在本职工作中做出的发明创造;履行本单位交付的本职工作之外的任务所做出的发明创造;退职、退休或者调动工作后一年内做出的，与其在原单位承担的本职工作或者原单位分配的任务有关的发明创造。我国的职务发明定义接近德国，但德国的职务发明专利的原始权归发明人，雇主拥有实施选择权。在我国，不仅职务发明专利归雇主所有，而且职务发明的范围定义太宽，限制了科技人员的主动性和灵活性。

2、缺乏职务发明人的有效激励机制。

尽管专利法规定职务发明人享有专利收入的分配权力,国家科技部等部门“关于促进科技成果转化的若干规定”也提出，要依法对职务科技成果完成人和为成果转化做出重要贡献的其他人员给予奖励。但因缺乏具体的操作办法，在实施中，企事业单位往往强调职务发明归单位所有，缺乏对职务发明人应有的激励机制。特别是国有企事业单位分配制度存在平均主义，大部分职务发明人难以获得应有的报酬，员工的创新积极性不高。

由于大部分科研机构和大学，以及国家科技计划没有建立规范的知识产权管理制度，在职务发明权属处理上，由于强调机构利益，忽视发明人利益，抑制了科研人员转化成果的积极性，存在着发明人通过各种途径将非职务发明转为职务发明的现象，有些个人成果被转化为公共资源。因此，需要增强雇主尊重职务发明人的意识，提高发明人创新的责任心;其次，要是适当缩小职务发明涵盖的范围。以职务合同和委托合同为主确定职务发明的适用范围，给雇员留有更多自由创造的空间。同时，为保证雇主的利益，可以允许雇主优先选择实施雇员非职务发明專利;三是规范公共机构职务发明人的补偿和奖励制度，落实对发明人的激励机制。制定专门的补充性法规，细化国有和政府资助的研究机构的职务发明人补偿和收入分配办法。国有企事业单位要破除平均主义大锅饭的观念，切实建立职务发明人的激励机制。