国务院2003年10月13日发布关于改革现行出口退税机制的决定，决定强调，按照新账不欠，老账要还，完善机制，共同负担，推动改革，促进发展的原则，对历史上欠退税款由中央财政负责偿还，确保改革后不再发生新欠，同时建立中央、地方共同负担的出口退税新机制。决定明确了改革的具体内容。

一是适当降低出口退税率。

二是加大中央财政对出口退税的支持力度。从2003年起，中央进口环节增值税、消费税收入增量首先用于出口退税。

三是建立中央和地方共同负担出口退税的新机制。从2004年起，以2003年出口退税实退指标为基数，对超基数部分的应退税额，由中央和地方按75：25的比例共同负担。

四是推进外贸体制改革，调整出口产品结构。通过完善法律保障机制等，加快推进生产企业自营出口，积极引导外贸出口代理制发展，降低出口成本，进一步提升中国商品的国际竞争力。同时，结合调整出口退税率，促进出口产品结构优化，提高出口整体效益。

五是累计欠退税由中央财政负担。对截至2003年底累计欠企业的出口退税款和按增值税分享体制影响地方的财政收入，全部由中央财政负担。其中，对欠企业的出口退税款，中央财政从2004年起采取全额贴息等办法予以解决。

由于出口退税新机制造成地方负担不均衡，部分地区负担较重。为此，2005年8月国务院发布《国务院关于完善中央与地方出口退税负担机制的通知》。《通知》指出，在坚持中央与地方共同负担出口退税的前提下完善现有机制，并自2005年1月1日起执行。

一、调整中央与地方出口退税分担比例。国务院批准核定的各地出口退税基数不变，超基数部分中央与地方按照92.5：7.5的比例共同负担。

二、规范地方出口退税分担办法。各省(区、市)根据实际情况，自行制定省以下出口退税分担办法，但不得将出口退税负担分解到乡镇和企业;不得采取限制外购产品出口等干预外贸正常发展的措施。所属市县出口退税负担不均衡等问题，由省级财政统筹解决。

三、改进出口退税退库方式。出口退税改由中央统一退库，相应取消中央对地方的出口退税基数返还，地方负担部分年终专项上解。