刑事案件审查起诉时，检察院补充侦查的，可以对补充侦查的证据提出质疑，如果非法收集的，应当排除证据。

《中华人民共和国刑事诉讼法》

第五十五条对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚；没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。

证据确实、充分，应当符合以下条件：

(一)定罪量刑的事实都有证据证明；

(二)据以定案的证据均经法定程序查证属实；

(三)综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。

第一百七十五条人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。

人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。

对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。

对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。

一、刑事证据包括哪些种类

1、物证，是指以其物质属性、外部特征、存在状况等证明案件真实情况的一切物品和痕迹。

2、书证，是指以其记载的内容和反映的思想来证明案件真实情况的书面材料或其他物质材料。

3、证人证言，是指证人就其所了解的案件情况向公安司法机关所作的陈述。

4、被害人陈述，是指刑事被害人就其受害情况和其他与案件有关的情况向公安司法机关所作的陈述。

5、犯罪嫌疑人、被告人供述和辩解，是指犯罪嫌疑人、被告人就有关案件的情况向侦查、检察和审判人员所作的陈述。内容主要包括承认自己有罪的供述和说明自已无罪、罪轻的辩解

6、鉴定意见，是指受公安司法机关指派或聘请的鉴定人，对案件中的专门性问题进行鉴定后所作出的书面结论。

7、勘验、检查、辨认、侦查实验等笔录；

8、视听资料、电子数据，是指以录音、录像、电子计算机或其他高科技设备所存储的信息证明案件真实情况的资料。