一、员工侵吞公司财产的合法处理方式是什么

公司员工侵吞公司财产后数额达到较大的，并且不退还侵吞财产的，就会构成职务侵占罪，可追究刑事责任。

《中华人民共和国刑法》

第二百七十一条【职务侵占罪；贪污罪】公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处五年以下有期徒刑或者拘役；数额巨大的，处五年以上有期徒刑，可以并处没收财产。

国有公司、企业或者其他国有单位中从事公务的人员和国有公司、企业或者其他国有单位委派到非国有公司、企业以及其他单位从事公务的人员有前款行为的，依照本法第三百八十二条、第三百八十三条的规定定罪处罚。

二、员工侵吞公司财产要哪些证据证明

1．财务凭证：如发票、收据、银行转账记录等，这些凭证可以证明公司财产的去向和用途。

2．合同协议：如购销合同、租赁合同、股权转让协议等，这些协议可以证明股东的行为是否符合公司的利益和规定。

3．证人证言：如其他股东或员工的证言，他们可以提供有关股东侵占公司财产的情况和细节。

4．监控录像：如公司内部的监控录像，它可以记录下股东侵占公司财产的具体行为和时间。

5．报警记录：如果股东的行为涉嫌违法犯罪，公安机关可以出具相关报案材料或者调查报告。

三、员工侵吞公司财产怎么举报

1．向公安机关报案：如果股东利用职务之便侵占公司财产，可能构成职务侵占罪，可以向公安机关报案。

2．向公司股东会举报：如果股东不是公司的工作人员，其侵占公司财产的行为属于民事范畴的债权债务关系，可以通过诉讼等方式来追究。

3．向法院起诉：如果股东利用股权优势侵犯公司利益，其他股东可以向法院提起诉讼。

《中华人民共和国刑法》（2020修正）：第二编　分则 第三章　破坏社会主义市场经济秩序罪 第四节　破坏金融管理秩序罪　　　　第一百八十三条　保险公司的工作人员利用职务上的便利，故意编造未曾发生的保险事故进行虚假理赔，骗取保险金归自己所有的，依照本法第二百七十一条的规定定罪处罚。\n国有保险公司工作人员和国有保险公司委派到非国有保险公司从事公务的人员有前款行为的，依照本法第三百八十二条、第三百八十三条的规定定罪处罚。