妨害传染病防治罪应当按照以下标准处罚：引起甲类传染病，依法确定采取甲类传染病防治措施的传染病传播或者有严重传播危险的；

一般对行为人判处三年以下有期徒刑或者拘役；后果特别严重的，对行为人判处三年以上七年以下有期徒刑。

特别严重的后果是指下列情形之一：

（一）供水单位供应的饮用水不符合国家卫生标准的；

（二）拒绝按照疾病预防控制机构提出的卫生要求对传染病原体污染的污水、污物、场所和物品进行消毒；

（三）允许或者纵容传染病患者、病原携带者和疑似传染病患者从事国务院卫生行政部门禁止的容易传播传染病的工作；

（售、运输疫区内被传染病病原体污染或可能被传染病病原体污染的物品，未进行消毒处理的；

（五）拒绝执行县级以上人民政府，疾病预防控制机构依照《传染病防治法》提出的预防控制措施。

妨害传染病防治罪的认定标准

我国的刑法对妨害传染病防治罪的认定标准作出了明确的规定。一般情况下，妨害传染病防治罪的罪与非罪通常是：必须引起甲类传染病传播，或存在传播的严重危险的行为。一般的违法行为没有导致甲类传染病传播，和甲类传染病传播的严重危险。违反传染病防治规定的一般行为，县级以上政府卫生行政部门要责令限期改正，并处罚款。造成传染病流行的，由同级政府采取强制措施。

《刑法》第三百三十条，违反传染病防治法的规定，有下列情形之一，引起甲类传染病传播或者有传播严重危险的，处三年以下有期徒刑或者拘役；后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑：

（一）供水单位供应的饮用水不符合国家规定的卫生标准的；

（二）拒绝按照卫生防疫机构提出的卫生要求，对传染病病原体污染的污水、污物、粪便进行消毒处理的；

（三）准许或者纵容传染病病人、病原携带者和疑似传染病病人从事国务院卫生行政部门规定禁止从事的易使该传染病扩散的工作的；

（四）拒绝执行卫生防疫机构依照传染病防治法提出的预防、控制措施的。

单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚。

甲类传染病的范围，依照《中华人民共和国传染病防治法》和国务院有关规定确定。