1、行政复议制度的功能难以发挥在行政复议制度的实际运行中，某些行政复议机构形同虚设：一方面，这些行政复议机构没有起到化解纠纷的功能;另一方面，公民对这些复议机构信任程度不够。造成这种现象的原因主要有：首先，复议机关与作出的行政机关具有行政隶属关系，这就决定了复议机关在裁决行政纠纷时难以十分公正;复议机关有时出于照顾上下级关系或整体与部门的关系而支持原行政机关的工作，有时甚至行政行为在作出之前就已经先行请示过上级(复议)机关，这样原行政机关的决定实际上就已经体现了复议机关的意志。其次，复议机关不愿当被告的心理，也影响了行政复议决定的公正性。我国《》规定，复议机关改变原具体行政行为的，一旦被，复议机关将成为被告;因而有些复议机关为了不当被告，对于受理的复议案件，常常不问青红皂白，维持了事;另外，在实践中某些领导人观念落后，把是否被起诉和否败诉作为行政机关政绩考核的标准，这也是复议机关草率维持原具体行政行为的原因之一。再次，复议机关从事复议工作的人员不足，素质不高，专业化不强，是行政复议决定公正性不够的内在原因。直到目前，我国尚没有法律对行政复议人员的任职资格作出规定。没有高素质、专业化的复议人员，就不可能有高质量的复议裁决。

2、行政复议机构不统一、不独立没有相对统一和独立的行政复议机构，既不利于公正地进行行政复议，也不利于机构精简。我国的行政复议机构分别隶属于各级不同的人民政府和不同的行政职能部门。各级人民政府和各行政职能部门根据自己的实际情况设立主管行政复议的工作机构，没有一套统一的行政复议机构体系。这样就很容易产生各种弊端。首先，不能公正地进行行政复议裁决。主持复议的行政机构完全听命于其所属的行政首长，没有自主决定权;而其所属的复议机关又与作出具体行政行为的行政机关有千丝万缕的联系。其次，没有统一的复议机构体系，违背了行政机关的精简效能原则，造成机构臃肿，加重了各级各类行政机关的负担。同时，在各级政府和各类职能部门设立行政复议机构，造成了人员一定程度的浪费，不利于行政机关工作效率的提高。

3、公务员合法权益受到侵犯得不到行政复议的救济《》没有将内部行政行为纳入，公务员合法权益受到侵犯不能得到及时、有效的救济。行政机关的行政行为按照其行使职权的范围和与行政管理相对人之间的关系来分类，可以分为内部行政行为和外部行政行为。内部行政行为最大的特点是管理者与被管理者之间具有行政隶属关系。《行政复议法》规定，行政机关工作人员对行政机关的奖惩、任免等决定不服的，不能申请复议。在理论上和实践中(甚至立法意图上)此类行为并不局限于奖惩、任免，而是将其扩充到内部行政行为实际上，保护公务员的合法权益与保护普通公民的合法权益一样，两者都应该有充分的救济途径和救济手段。虽然可以通过行政申诉来维护自己的合法权益，但申诉与行政复议制度的功能不可同日而语，后者的救济更加有效。《行政复议法》将公务员合法权益的救济排除于复议之外，这是我国行政复议制度的一大缺陷。

4、行政复议只能对部分发挥有限的监督作用《行政复议法》只是将规章以下的抽象行政行为有限纳入了行政复议范围，对于规和规章，行政复议仍然不能发挥监督作用。对抽象行政行为进行复议监督问题，是法学界、实际部门以及社会公众十分关注的问题。从1990年起草《行政复议条例》时，就有人主张将抽象行政行为纳入复议范围，但由于当时条件所限及认识上的不统一等原因，最终未能如愿。在制定《行政复议法》时，抽象行政行为的复议监督问题再次被提上日程。在我国，对抽象行政行为的监督是十分有限和薄弱的。从理论上说，对抽象行政行为有下列监督形式：人大和上级行政机关的监督;备案审查的监督;人民法院和行政复议机关审查具体行政行为时的间接监督。但是，这些看似完备的监督制度，实际上却收效甚微。究其原因无外乎两点：一是有权监督的机关没有真正实施监督;二是没有行政行为的利害关系人参加，缺少程序的发动者和监督的原动力

5、临时权利保护的法律规定流于形式在实践中，复议期间具体行政行为不停止的规定流于形式，制度规定与实际运行相脱节。《行政复议法》同原《行政复议条例》一样，作了类似于《行政诉讼法》的规定：复议期间具体行政行为不停止执行是原则，停止执行是例外。但是，复议期间，甚至包括诉讼期间，具体行政行为停止执行究竟是原则还是例外?根据传统的行政法理论，行政行为具有公定力，即行政行为即使违法，在法律上仍然有效并且具有拘束有关人员的效力;因此，具体行政行为在复议和诉讼期间不停止执行。但是，在执法实践中却与此相反，停止执行是原则，不停止执行是例外。对复议期间具体行政行为不停止执行是原则的规定，有学者从理论层面和操作层面进行了分析，认为该原则在理论上欠逻辑性、在操作上缺少可执行性。事实上，在西方发达国家，如在美国和行政行为公定力理论盛行的德国，已经开始实行在行政复议和行政诉讼期间停止执行行政行为为原则。因此，复议不停止执行原则的规定应该在今后的立法中加以修改。这样，既可以突出对公民权利的保护，又可以避免制度规定与实际运行的不一致。

6、律师代理行政复议缺少规定原《行政复议条例》没有规定制度。《行政复议法》虽然规定了委托代理制度，但是对律师能否介入行政复议活动并没有明确规定，这就不能很好地发挥律师在行政复议中的积极作用。实际上，律师介入行政复议有着非常重要的作用：第一，有利于更好地维护公民、或者其他组织的合法权益，因为律师精通法律，享有比一般委托代理人更广泛的权利，如可以向有关单位调查取证。第二，有利于制约行政复议机关依法公正地进行裁决，因为律师更善于发现行政机关具体行政行为的违法之处。因此，我国亟需对律师代理行政复议案件的规则作出规定。此外，我国行政复议制度也还存在其他一些问题，如行政复议制度健康发展的社会环境尚不够理想，对复议活动本身的监督机制尚没有形成，少数终局复议制度仍然存在，等等。