自然人独资公司转让股权流程是：首先与受让人签订股权转让合同，约定股权转让价格、交接、债权债务、股权转让款的支付等事宜；然后向公司注册地工商局提交《股权转让协议》、《股东会决议》、新的《公司章程》、审计报告等文件，办理股权变更登记。

一、股权变更需要什么手续?

股权变更需要的手续有：

1、作出股东会决议；

2、签署股权转让协议；

3、制作公司章程修正案；

4、到工商局办理股权变更登记手续。

《公司法》第七十三条规定，依法转让股权后，公司应当注销原股东的出资证明书，向新股东签发出资证明书，并相应修改公司章程和股东名册中有关股东及其出资额的记载。对公司章程的该项修改不需再由股东会表决。

二、股权转让侵权纠纷案件如何举证

(一)、证明当事人(原、被告或第三人)诉讼主体资格的证据

1、当事人为自然人的，应提交身份证明材料，如身份证或户口本;

2、当事人为法人或其他组织的，应提交登记资料，如营业执照、社团法人登记证等;

3、当事人名称在法律关系成立后有变更的，应提交登记机关出具的变更证明。

(二)、证明股权转让合同成立的证据

1、股东同意转让股权(出资)的证据;

2、当事人签订的股权转让合同、补充协议、公司章程等;

(三)、证明股权转让合同履行情况的证据

1、资产评估报告、验资报告等;

2、出让或接收股权(出资)的证据，如给付、接收转让股款，公司出具的出资证明书、股东名册，出让方将公司的管理权转移给受让方的证据等;

3、工商部门办理股权变更登记的资料。

三、股权协议的内容

股权转让是公司股东依法将自己的股东权益有偿转让给他人，使他人取得股权的民事法律行为，是股东行使股权经常而普遍的方式，《公司法》规定股东有权通过法定方式转让其全部出资或者部分出资。其次，股权转让协议是当事人以转让股权为目的而达成的关于出让方交付股权并收取价金，受让方支付价金得到股权的意思表示。股权转让是一种物权变动行为，股权转让后，股东基于股东地位而对公司所发生的权利义务关系全部同时移转于受让人，受让人因此成为公司的股东，取得股东权。股权转让合同自成立时生效。但股权转让合同的生效并不等同于股权转让生效。股权转让合同的生效是指对合同当事人产生法律约束力的问题，股权转让的生效是指股权何时发生转移，即受让方何时取得股东身份的问题，所以，必须关注股权转让协议签订后的适当履行问题。