1、司法鉴定机构或部门种类繁多，设置极为混乱

由于我国至今尚无规范鉴定机构设立的法律法规，结果造成鉴定机关或部门的设置过多过滥。目前我国的鉴定机构或部门主要有三大类：第一类是法院、检察院和公安机关设置的鉴定机关或部门，第二类是经授权建立的行业鉴定机构或部门，第三类是设置在各大学法学院、法律系、侦查系的鉴定机构以及研究所设置的鉴定机构等。自2005《司法鉴定管理问题的决议》(一下简称《决议》)执行以来，人民法院已全面停止各项鉴定，公检两家也停止对外鉴定。

司法鉴定的改革使司法鉴定从公检法机构中脱离出来，改变了过去自侦自检、自审自检的现象，但又出现自治自检、鉴定机构与鉴定人员冗余等一系列了新问题，具体体现在以下几个方面：

(1)有些鉴定机构由医院主办，出现自治自检现象。很多新成立的司法鉴定机构，由医院院长为法人代表，业务副院长为鉴定所负责人，很多未经专业法医培训的医生理所当然就上岗从事法医鉴定工作，由于他们对于司法鉴定的标准缺乏准确认识和理解，导致入院病历书与鉴定结论合二为一，成为“一套人马两块牌子”的产物，司法鉴定机构权威性大大降低。

(2)对鉴定机构与鉴定人员的外部监督与管理过于松懈。司法行政主管部门对于司法鉴定机构的管理仅限于收取管理费，对于司法鉴定机构的设立、组织、场所以及鉴定人员资格缺乏实质性监督及管理，这样不仅导致司法鉴定机构及司法鉴定人员冗余，更导致司法鉴定结论准确性与权威性的丧失。由于现今鉴定机构专业技术人员素质与鉴定机构硬件设施参差不齐，即使一些不符合规定的司法鉴定结论作出后，无制度无机关无人进行监督与管理，造成严重后果也无人承担，因此鉴定结论的准确性与权威性大大降低。

(3)当事人对鉴定机构的选择随意性过大，导致当事人诉讼成本大大增加。《决议》规定司法鉴定不受地域范围的限制，因此当事人可随意对鉴定机构进行选择。案件起诉到法院后，法院只进行司法鉴定的形式审查，如果没有缺陷便会对鉴定结论予以采信，而不会考虑作出司法鉴定的鉴定机构所在地。这样一来，另一方当事人知晓情况后便会对该外地进行的司法鉴定的权威性产生怀疑，甚至申请重新鉴定，这样导致当事人双方诉讼成本的增加。

2、司法鉴定程序缺乏法律规范，重复鉴定严重

我国现有的司法鉴定工作，因为种种原因，仅在三大诉讼法中有些原则规定，在有些部门如“公、检、法、司、卫”机关都有一些司法解释或行政规章，但过于简单、过于原则、过于分散，而且都是从部门角度出发，没有从国家统一的司法制度建设的角度考虑问题，因此它的适用范围和效力有限。司法鉴定基本的法律制度如司法鉴定机构的设立条件、司法鉴定人员的从业资格、司法鉴定程序规则、执业纪律和法律责任等缺乏统一的管理、操作和监督方面的制度。在司法实践中，有些鉴定机构由于受经济利益趋动，甚至出具虚假鉴定结论的事例并不鲜见，但却难以使其承担相应的法律责任。司法实践中最常见的就是一案多次重复鉴定，且鉴定结论差异较大，甚至截然相反的情况。司法机关为查明案件事实，就一些专门性的问题委托司法鉴定是十分必要的。但是，却常常会遇到同一案件多个司法鉴定结论相互矛盾的现象。更为严重的是鉴定机关因为种种利害或利益关系，各自为鉴，互不信任的情况时有发生。

3、司法鉴定从业人员良莠不齐，鉴定缺乏可信度

由于法律对从事司法鉴定的机构和人员没有规定严格的准入资格要求，所以，受委托从事司法鉴定的社会专业鉴定组织仪器设备标准不等，鉴定人员水平参差不齐，更因为缺乏严密的操作规则和监督，难以保证鉴定结论的客观、公正。特别是一些鉴定单位或鉴定人为追求经济利益，曲意迎合一些当事人或办案人员的不合理要求，扭曲了了司法鉴定的本意，使司法鉴定结论的公正性、客观性大打折扣。同时，由于司法鉴定的费用是由当事人承担，更因为办案人员按司法鉴定结论就是办错了案，承办人员也不负错案责任，所以，有相当部门的办案人员不是从案件是否确实需要的角度出发委托司法鉴定，而是动辄委托司法鉴定，过分依赖司法鉴定，结果造成一些案件久拖不决，造成资源的不必要浪费。

4、现行的鉴定制度也使得鉴定的回避规定完全被虚化

对认为需要鉴定的专门性的问题，法院只能“交由”或“指定”有关的鉴定部门，而不能直接委托从事鉴定的人。有关的鉴定部门接到法院的鉴定请求以后，由谁进行鉴定，如何鉴定，都完全是鉴定部门内部的事，法院无权过问或干预，其结果是连法官也不知道究竟是谁在从事鉴定，只是在收到鉴定结论以后，才能从鉴定结论的签名上知晓其姓名，但仍不了解该鉴定人的知识水平、经验、技能、资格以及社会关系。

司法鉴定的主观性完全是取决于司法鉴定是依靠先进的科学技术，但科学技术本质上还是由人来进行操作的，对于一些比较复杂的专业化的术语，司法鉴定机构负有很大的解释权。当然，国家现在也出台了一系列的关于司法鉴定方面的行业自律的法律制度，都是要从根本上保证司法鉴定的绝对公平。