一、如何处理无效的通常工程合同纠纷

处理无效的通常工程合同纠纷的方式是：

1．合同订立后尚未履行。当事人双方均不得继续履行，可按照缔约过失原则处理。一方在订立合同过程中，故意隐瞒重要事实或者提供虚假情况，给对方造成损失的，应当承担赔偿责任，双方均有过错的，按照过错大小承担相应的责任。

2．合同已开始履行，但尚未完工。如已完成部分工程质量合格，发包方应该按照完成的比例参照合同约定的价款折价支付工程款。如已完成部分工程质量低劣，无法补救，已完成部分应拆除，承包方无权要求支付工程款。已完成部分质量不合格但经修复后可满足质量要求的，由承包人承担修复费用，发包人向承包人支付已完成工程部分的工程款。

3．合同履行完毕。

（1）修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持；

（2）修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。

因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。

二、工程合同纠纷的诉讼时效是多久

工程合同纠纷的诉讼时效是三年。我国法律规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护；有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。

三、建筑工程合同违约金最新规定

建筑工程合同违约金最新规定建筑工程合同违约金最新规定当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加，否则请求减少；低于实际造成的损失的，当予以增加。

根据《民法典》第五百八十五条的规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。

《中华人民共和国民法典》：第八章　违约责任　　第五百八十五条　当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。\n　　约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。\n　　当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。