虽然当事人可以自由选择以上方式确定股权转让价格，但仍需遵守我国法律的强制性规定。如果股权转让价格与股权实际价值（或市场价值）差距过大，往往容易产生股权特让纠纷，有异议的一方可能会以此为由主张股权转让双方恶意串通。而依据我国《民法典》的相关规定，恶意串通约定股权转让价格，致国家、集体或者第三人利益受损的，将导致股权转让行为无效为了避免此类法律风险，保障股权转让各方的合法权益，当事人应尽量采取反映股权实际价值或市场价值的价格确定方式。例如。可以先对公司的资产、负债情况进行整体评估、审计，确定转让基准价格，并以此为基础协商确定转让价格，还可以结合公司不良资产率、国家产业政策等因素确定转让价格，或者引进拍卖、变卖的市场竞争机制转让股权。

非上市公司股权转让价格如何核定？

如果自然人进行股权转让价格明显偏低又无正当理由的话，税务机关会按照以下方法进行核定：

（1）参照每股净资产或纳税人享有的股权比例所对应的净资产份额核定股权转让收入。对知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例达50％以上的企业，净资产额须经中介机构评估核实；

（2）参照相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格核定股权转让收入；

（3）参照相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格核定股权转让收入；

（4）纳税人对主管税务机关采取的上述核定方法有异议的，应当提供相关证据，主管税务机关认定属实后，可采取其他合理的核定方法。上述四种核定方法，比较准确简单有效的是第一、二种方法。但如果被投资企业没有其他自然人股东、其他自然人股东未发生股权转让或其他自然人股权转让价格不公允，税务机关一般都会按照第一种方法进行核定，即按照纳税人享有被投资单位的净资产份额进行核定，

由此可见，非上市公司股东转让股权时，需要负有纳税义务的转让方到当地税务部门申办个人所得税，并且凭借完税证明和相关资料到工商部门办理股权变更登记。同时，税务部门针对非上市公司股权转让个人所得税计税基数偏低的情况，会通过多种方法核定转让价格，防止逃税漏税的行为发生。