检察院可以直接结案。刑事案件在审查起诉期间，如果案件事实不清，证据不足，检察院可以决定不起诉或退回公安机关补充侦查，如果补充侦查后仍是证据不足，检察院应当决定不起诉。取保候审后，检察院不起诉，案子就算了结了。

人民检察院决定不起诉的案件，应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、行政处分或者需要没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。侦查中对犯罪嫌疑人的财物采取扣押、冻结，是一种强制侦查措施，其目的在于防止犯罪嫌疑人转移财物，保证判决的执行。

法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十七条

犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。

对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。

人民检察院决定不起诉的案件，应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。

哪些案件由检察院直接立案

根据我国《刑事诉讼法》第十八条和《人民检察院刑事诉讼规则》第八条的规定，人民检察院直接侦查的刑事案件有四类：

１、贪污贿赂犯罪案件。包括１２种，即贪污案；挪用公款案；受贿案；单位受贿案；行贿案；对单位行贿案；介绍贿赂案；单位行贿案；巨额财产来源不明案；隐瞒境外存款案；私分国有资产案；私分罚没财物案。

２、国家工作人员的渎职犯罪案件。包括３４种，即滥用职权案；玩忽职守案；故意泄露国家秘密案；过失泄露国家秘密案；徇私枉法案；民事、行政枉法裁判案；执行判决裁定失职案；执行判决、裁定滥用职权案；私放在押人员案；失职致使在押人员脱逃案；徇私舞弊减刑、假释、暂予监外执行案；徇私舞弊不移交刑事案件案；滥用管理公司、证券职权案；徇私舞弊不征、少征税款案；徇私舞弊发售发票、抵扣税款、出口退税案；违法提供出口退税凭证案；国家机关工作人员签订、履行合同失职被骗案；违法发放林木采伐许可证案；环境监管失职案；传染病防治失职案；非法批准征用、占用土地案；非法低价出让国有土地使用权案；放纵走私案；商检徇私舞弊案；商检失职案；动植物检疫徇私舞弊案；动植物检疫失职案；放纵制售伪劣商品犯罪行为案；办理偷越国边境人员出入境证件案；放行偷越国边境人员案；不解救被拐卖、绑架妇女、儿童案；阻碍解救被拐卖、绑架妇女、儿童案；帮助犯罪分子逃避处罚案；招收公务员、学生徇私舞弊案；失职造成珍贵文物损毁、流失案。

３、国家机关工作人员利用职权实施的侵犯公民人身权利、民主权利的犯罪案件。包括７种，即非法拘禁案；非法搜查案；刑讯逼供案；暴力取证案；虐待被监管人案；报复陷害案；破坏选举案。

４、国家机关工作人员利用职权实施的其他重大的犯罪案件，需要由人民检察院直接受理的时候，经省级以上人民检察院决定，可以由人民检察院立案侦查。