农村小额贷款利率偏高的原因一：操作方式不同商业银行是坐台制，需要存款、贷款的人，都到银行来办理业务。而小额贷款则是专人负责制。其中每一个环节，如放贷、审核等都需要大量的专业人员。另外，商业银行是一年收一次款，而为减少客户的还款负担、降低风险，小额贷款往往是一个月收一次款，这无形中就提高了小额贷款的操作成本。农村小额贷款利率偏高的原因二：小额贷款的贷款额度小，操作成本却很高商业银行的贷款额度大，小额贷款的贷款额度小，这就与商品市场上批发与零售的区别相似。因此，小额贷款利息也会相应的高一些。农村小额贷款利率偏高的原因三：资金来源不同商业银行具备吸收存款和发放贷款两个方面的功能，简而言之，商业银行可以靠国家的政策与信誉获得非常低价的储蓄资金；而小额贷款机构往往不具备吸收存款的功能，只能依靠自有资金进行贷款，所以成本很高。小额贷款的成本与供求状况是影响小额贷款利息的两个最主要因素。此外，它还受国家宏观调控政策、人们的选择偏好等许多因素的影响。虽然相对于银行贷款，小额贷款利息略高一筹，但是小额贷款在放款速度、灵活性则要优于银行贷款，所以，备受贷款者的青睐。另外，考虑到农村贷款的高风险性质，人民银行允许农村小额贷款利率拥有较其它商业银行（包括中国农业银行）更灵活的浮动范围，目前农村信用合作社的1年期贷款利率的浮动上限不能超过在中国人民银行的规定利率50％，所以这也是农村小额贷款利率偏高的原因之一。国家为什么要这样做？农村小额贷款的利息有一个幅度，区分就在于个人贷款用途，消费借款要高一点（如购房、购车等），农村生产贷款相对低一点（如购农业生产资料贷款）。在因缺乏合适有效的金融机构为农村和农民提供金融服务、无法满足后者的融资需求构成了当前农村金融发展的困境，也是阻碍农民收入增长缓慢的主要原因之一。国家支持农村信用社专门为农村和农民提供金融服务，也允许农村小额贷款提高或降低利率贷款，让广大农民发家治富，提高农民收入。