由于相关法规及办法对履约保证金的收取与管理没有规定，具体操作时没有统一标准，各地的操作方法都不一样，一般的做法都是把保证金交给集中采购机构，但是交付的金额与时间，有效期，退还时间有些不同。有些地方把履约保证金作为合同生效的条件，在接到中标通知书后7天内，中标人应按合同规定向业主提交履约保证金或履约保函。在供需双方和采购中心法定代表人或其授权代理人签字并加盖公章并且需方收到供方提交的履约保证金后合同生效。履约保证金金额有些地方是中标合同价的5％以内，有些地方是中标合同价的10％以内，施工履约保证金金额有些地方规定为中标价的2O％。

履约保证金退还的时间做法也有所不同，基本上不计利息退还。如采购的是货物，有些地方是经采购人验收合格之日起3个工作日内返还，不计利息，也有2O个工作日内返还的。有些地方规定货物经采购人验收合格交付之日后不计利息退还。工程履约保证金的有效期直至工程竣工验收合格备案后的第2天，在此期间中标人出现按施工合同应对业主给付经济赔偿的情况时，业主有权从履约保证金中取得赔偿金额；余额由业主在有效期届满后5天内按中国建设银行同期贷款利率计息后本息全额退还给中标人。

不少采购机构在标书中注明投标人中标后投标保证金将自动转为履约保证金，一旦投标保证金金额偏少时，转入履约保证金阶段还要补交。有些采购机构对询价采购方式规定，经采购人特别要求，可以在询价标段中明确成交供应商在签订合同时，须向采购人提交不高于成交额10％的履约保证金。采购人未作特别要求的，一般将询价保证金自动转为履约保证金，额度为成交额的l％，如不足可以要求补缴。对政府采购的定点企业，有些地方规定通过扣除履约保证金的制裁措施。有违规行为的，一经调查属实，第一次通报批评，并扣履约保证金10％；第二次扣除履约保证金的50％；第三次扣全部履约保证金；第四次通报取消其定点资格，并在三年内不得参与政府采购的招标活动。

有些地方规定把履约保证金等同于定金。有些地方规定招标人不得擅自提高履约保证金，招标人不履行与中标人订立的合同的，应当双倍返还中标人的履约保证金；给中标人造成的损失超过返还的履约保证金的，还应当对超过部分予以赔偿；没有提交履约保证金的，应当对中标人的损失承担赔偿责任。政府采购中的履约保证金不属于定金。不论供应商是否同意和自愿，采购主体与中标供应商签订合同发生争议时援引定金罚则缺乏法律根据。