劳动仲裁中加班的认定主要依据的是日常的人事管理中考勤记录、加班审批表等。用人单位承担两年内加班工资举证责任，与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供;用人单位不提供的，应当承担不利后果。超过两年的加班工资举证责任，应根据“谁主张、谁举证”的原则，仍由劳动者承担。

一、如何分配劳动争议举证责任

发生劳动争议的举证责任的分配具体如下：

1.一般情况下，当事人对自己提出的主张有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供;用人单位不提供的，应当承担不利后果。

2.用人单位作出的开除、除名、辞退、解除劳动合同、减少劳动报酬、计算劳动者工作年限的，法律规定，因用人单位作出的开除、除名、辞退、解除劳动合同、减少劳动报酬、计算劳动者工作年限等决定而发生的劳动争议，用人单位负举证责任。

3.确认劳动关系的，有关凭证由用人单位负举证责任。

4.无法确定举证责任承担的，仲裁庭可以根据公平原则和诚实信用原则，综合当事人举证能力等因素确定举证责任的承担。

二、谁承担证明加班事实的举证责任

《司法解释(三)》第9条规定：劳动者主张加班费的，应当就加班事实的存在承担举证责任。但劳动者有证据证明用人单位掌握加班事实存在的证据，用人单位不提供的，由用人单位承担不利后果。

劳动者加班又没有加班费这个问题一直是我国劳动法司法审判领域的一个难点，有观点认为加班事实的举证责任在用人单位，因为用人单位有保存考勤记录的法定责任。也有观点认为加班事实应根据民事诉讼的“谁主张谁举证”原则进行确定。

本条司法解释出台，一方面明确了加班事实举证责任的分配，另一方面也为尽可能保护劳动者权益留了一点小尾巴：“但劳动者有证据证明用人单位掌握加班事实存在的证据，用人单位不提供的，由用人单位承担不利后果。”

但总的来看，未来一段时间内，劳动者如要向用人单位主张支付加班费，需要在工作期间注意搜集维权证据，比如真实有效的考勤记录、签到打卡表格等相关材料。

然而，此次《司法解释(三)》的出台，企业并不能轻视加班费的管理。企业仍应进一步建立健全工时、工资和考勤休假制度，通过制度规定和合同约定来有效预防加班费支付事项上的法律风险。

三、公司不发加班工资怎么维权

没有得到加班费的劳动者，要及时向劳动保障监察部门投诉，当然劳动者也可以选择仲裁，劳动争议由劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会管辖。双方当事人分别向劳动合同履行地和用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁的，由劳动合同履行地的劳动争议仲裁委员会管辖。

但需要注意的是，劳动仲裁有时效上的限制：劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。当然如果当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断，仲裁时效也会中断，因不可抗力或者有其他正当理由，仲裁时效中止。

从最新的司法解释来看，最高法为督促用人单位规范管理，引导劳动者正确行使权利，最高人民法院日前出台《关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释(三)》。该司法解释规定，劳动者主张加班费的，应当就加班事实的存在承担举证责任，但劳动者有证据证明用人单位掌握管理加班事实存在的证据，用人单位不提供的，由用人单位承担不利后果。