依据民事诉讼法的规定，进行司法鉴定时，应该由双方当事人协商确定具备资格的鉴定人，如果单方委托的，另一方可以对鉴定结果提出异议，异议成立的鉴定结论是不具有法律效力的。

《中华人民共和国民事诉讼法》

第七十六条当事人可以就查明事实的专门性问题向人民法院申请鉴定。当事人申请鉴定的，由双方当事人协商确定具备资格的鉴定人;协商不成的，由人民法院指定。

当事人未申请鉴定，人民法院对专门性问题认为需要鉴定的，应当委托具备资格的鉴定人进行鉴定。

第七十七条鉴定人有权了解进行鉴定所需要的案件材料，必要时可以询问当事人、证人。

鉴定人应当提出书面鉴定意见，在鉴定书上签名或者盖章。

一、法院司法鉴定的程序是哪些

（一）当事人申请鉴定，应当在举证期限内提出。

（二）申请鉴定时，要预交鉴定费用，并提供相关材料。

（三）当事人申请鉴定经法院同意后，由双方当事人协商确定有鉴定资格的鉴定机构、鉴定人员，协商不成时，由人民法院指定。

（四）当事人对人民法院委托的鉴定部门作出的鉴定结论有异议申请重新鉴定，提出证据证明存在下列情形之一的，人民法院应予准许：

（1）鉴定机构或者鉴定人员不具备相关的鉴定资格的。

（2）鉴定程序严重违法的。

（3）鉴定结论明显依据不足的。

（4）经过质证认定不能作为证据使用的其他情形。

（五）对有缺陷的鉴定结论，可以通过补充鉴定、重新质证或者补充质证等方法解决的，不予重新鉴定。

二、笔迹鉴定机构怎么确定？

1、笔迹鉴定机构首先可以由当事人协商确定，协商不成的由法院指定。

当事人可以就查明事实的专门性问题向人民法院申请鉴定。当事人申请鉴定的，由双方当事人协商确定具备资格的鉴定人；协商不成的，由人民法院指定。当事人未申请鉴定，人民法院对专门性问题认为需要鉴定的，应当委托具备资格的鉴定人进行鉴定。

2、鉴定人有权了解进行鉴定所需要的案件材料，必要时可以询问当事人、证人。鉴定人应当提出书面鉴定意见，在鉴定书上签名或者盖章。

3、提出笔迹鉴定，通常需要提交以下的材料：

(1)需要有检材，文书司法鉴定中的检材，是对文件中的某项内容(如：笔迹、印章、打印文件)有异议需要鉴定的材料，称为检材。

(2)需要样本，是与检材相对应的供检验比对的材料。如：书写人同年或相近年份、年代的真实笔迹样本若干份，对数量没有具体要求，一般3-5份左右，只要特征反映充分就可以作为样本比对材料。