进行国有土地出让的方法主要有协议、招标、拍卖三种方式，具体如下：

1、协议出让。协议出让，是指土地使用权的有意受让人直接向国有土地的代表提出有偿使用土地的愿望，由国有土地的代表与有意受让人进行谈判和切磋，协商出让土地使用的有关事宜的一种出让方式。它主要适用于工业项目、市政公益事业项目、非盈利项目及政府为调整经济结构、实施产业政策而需要给予扶持、优惠的项目，采取此方式出让土地使用权的出让金不得低于国家规定所确定的最低价。以协议方式出让土地使用权，没有引入竞争机制，不具有公开性，人为因素较多，因此对这种方式要加以必要限制，以免造成不公平竞争、以权谋私及国有资产流失。协议、招标、拍卖、挂牌是法定的四种使用权的出让方式。在具体实施土地使用权出让时，由国有土地代表根据法律规定，并根据实际情况决定采用哪种方式，一般对地理位置优越、投资环境好、预计投资回报率高的地块，应当采用招标或拍卖方式；反之，可适当采用协议方式。

2、招标出让。招标出让国有土地使用权，是指市、县人民政府土地行政主管部门（以下简称出让人）发布招标公告，邀请特定或者不特定的公民、法人和其他组织参加国有土地使用权投标，根据投标结果确定土地使用者的行为。是指在规定的期限内由符合受让条件的单位或者个人（受让方）根据出让方提出的条件，以密封书面投标形式竞报某地块的使用权，由招标小组经过开标、评标，最后择优确定中标者。投标内容由招标小组确定，可仅规定出标价，也可既规定出标价，又提出一个规划设计方案，开标、评标、决标须经公证机关公证。招标出让的方式主要适用于一些大型或关键性的发展计划与投资项目。

3、拍卖出让。拍卖出让国有土地使用权，是指出让人发布拍卖公告，由竞买人在指定时间、地点进行公开竞价，根据出价结果确定土地使用者的行为。拍卖出让方式引进了竞争机制，排除了人为干扰，政府也可获得最高收益，较大幅度的增加财政收入。这种方式主要适用于投资环境好、盈利大、竞争性强的商业、金融业、旅游业和娱乐业用地，特别是大中城市的黄金地段。一、国有土地使用权出让需要的材料如下：1、申请书；2、《国有土地使用证》、《国有土地划拨决定书》或《国有土地租赁合同》；3、地上建筑物、构筑物及其他附着物的产权证明；

4、原土地使用权人有效身份证明文件；

5、改变用途的应当提交规划管理部门的批准文件；

6、法律、法规、行政规定明确应提交的其他相关材料。二、国有土地使用证的出让和转让的区别如下：1、使用范围不同。划拨土地属政策性用地，一般只能用于公益事业和基础设施建设工程等，不用于其他商业目的，目前的经济适用住房建设用地也均以划拨方式取得；2、补偿标准不同。如果遇到政府拆迁，出让土地的补偿费要比划拨土地的补偿费标准高出许多；3、使用期限不同。划拨土地使用权没有使用期限的限制，因此，除非政府因规划变更需收回土地使用权或土地使用者要转让土地及地上建筑物，使用者可以无限期使用；4、转让条件不同。划拨土地的转让须经原批准使用土地的机关批准，经济适用房转让还须经过一定的年限，且转让时须补偿土地使用权出让金，而出让土地和商品房的转让则没有这样的限制。总之，国有土地出让程序有两种，以出让方式取得的国有土地使用权转让程序、以划拨方式取得的国有土地使用权转让程序。两者都是要通过签订合同，约定内容，然后上报有关部门进行审查，最后等待发证。其中需要交纳土地增值税等税收。相关法规：《中华人民共和国城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第十三条土地使用权出让可以采取下列方式：（一）协议；（二）招标；（三）拍卖。依照前款规定方式出让土地使用权的具体程序和步骤，由省、自治区、直辖市人民政府规定。