可以去工程所在地或被告所在地人民法院起诉，管辖法院应该是区或者县人民法院。

拖欠工程款属于民事纠纷，清欠办只负责农民工工资，所以应该在应付工程款之日起两年内到法院起诉。凭借欠条可以直接起诉建设单位，但是应当尽可能提供施工合同，竣工结算文件。

起诉时尽量申请财产保全，查封被告名下账户，可以保障案件判决的顺利执行。

一、恶意拖欠工程款利息怎么算

《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条规定：“当事人对欠付工程价款利息计付标准有约定的，按照约定处理。没有约定的，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息”。（一）利息属于法定孳息。发包人欠付工程款时，除应承担向债权人继续支付工程款的责任外，并因支付拖欠工程款的利息。这是法律规定的做为债务人的发包人应承担的法定义务，毋需双方约定。（二）对于拖欠工程款利息的记付标准，司法解释兼顾尊重当事人的意思自治和公平原则，规定当事人对利息计算标准有约定的，按照约定处理。当事人没有约定的，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息。

二、工程款支付流程

工程款的支付一般分为两个流程，预付款支付流程和进度款支付流程。预付款一般的支付流程是施工单位提交《预付款支付申请表》给预算专员，预算办根据合同约定的预付比例审核预付款，签署申请表然后交给财务部；财务部复核后，交给总经理和董事长审批，然后将审批通过的申请表交给出纳安排付款。工程进度款的支付流程比预付款稍微复杂，通常是施工单位先向工程部提交《工程进度款支付申请表》，并附上已完工程的预算书；工程部审核当月完成的项目及相关工程量，审核完毕由工程部经理签字后交到预算专员；预算专员审核已完工程量，并审核工程预算价，确定当月完成工程造价，根据合同约定，审批工程款，预算专员签字确认；之后，预算专员将签字确认的申请表上交财务部审核。财务部审核无误后，将申请表交由总经理和董事长审批；施工单位根据审核审批通过的申请表中的金额开具发票；施工单位将审核审批通过的申请表以及相同金额的发票上交到财务部，财务部再次复核申请表的金额是否与发票金额一致，以及核对发票的各项内容后，交到出纳处办理该款项的转付。