仲裁庭可以允许申请人撤案。但我国《仲裁法》应当明确规定申请人的撤案申请权，但同时要考虑到被申请人的利益，在被申请人已经提交了答辩书或者已经作了实质性答辩准备的情况下，申请人如欲撤回仲裁申请的，应当征得被申请人同意。

对于撤案申请权问题，实践中有一种观点，认为没有必要就此正面作出一般性的规定，其理由是：仲裁机构对案件的管辖、审理与裁决均是基于双方当事人此前自愿达成的仲裁协议，当事人应当遵守彼此达成的仲裁协议，故在案件被提交仲裁之后，即不应当违反协议而将案件撤回。但是，这种观点显然是有失偏颇的。

首先，这种观点与有关现行法律规定相冲突。申请人经书面通知，无正当理由不到庭或者未经仲裁庭许可中途退庭的，可以视为撤回仲裁申请;当事人申请仲裁后，双方达成和解协议的，除了可以请求仲裁庭根据和解协议作出裁决书以终结案件外，也可以选择申请人撤回仲裁申请的方式来终结案件。此外，根据《仲裁委员会仲裁收费办法》第6条第二款的规定，当事人在规定的期限内不预交案件受理费，又不提出缓交申请的，也视为撤回仲裁申请。显而易见，在上述几种情形下，法律是允许当事人撤回仲裁申请的，或者由仲裁庭将案件作视为撤回仲裁申请处理，且并不认为撤回仲裁申请与仲裁协议相矛盾。因此，以违反仲裁协议为理由而否定撤案申请权的正面设定是不能成立的，也是与现行法律规定相冲突的。

其次，撤回仲裁申请与违反仲裁协议是性质完全不同的两回事，不可相提并论。仲裁协议是双方当事人就民商事纠纷的主管问题所达成的一种约定，即当事人双方约定将彼此间所产生的民商事纠纷提交某一特定仲裁机构仲裁，而明确排除法院的司法审判。因此，违反仲裁协议一般是指当事人在纠纷发生后不按协议的约定提交仲裁却向法院提起诉讼。而撤回仲裁申请则是指当事人在遵守仲裁协议，即已提交仲裁的前提下不再要求仲裁机构继续对案件进行审理。其原因可能是因为双方当事人自行达成了和解协议，也可能是因为申请人认为自己申请仲裁本身考虑欠妥，还可能是因为被申请人主动履行了义务，等等。因此，不能将撤回仲裁申请与违反仲裁协议混为一谈。

最后，否认正面赋予申请人以撤案申请权是与仲裁机制所固有的处分原则相悖离的。

综上所述，撤案申请权是仲裁程序中申请人理应享有的一项重要权利，我国《仲裁法》应对此正面作出明确规定。但，是不是只要是申请人申请撤案，仲裁庭就必须允许呢?实际上，仲裁庭是否允许申请人撤案还应该考虑案件的实际情况以及对被申请人合法权益的保护，而不能仅仅依据申请人的意愿来决定仲裁程序的终结，否则明显有违仲裁程序应有的公正性。可以通过下面的案例说明一下。

申请人A公司与被申请人B公司因货款支付问题发生争议，申请人根据双方在合同中签订的仲裁条款向中国国际经济贸易仲裁委员会提请仲裁。由于本案牵涉的与本案有关的人员较多，案情较为复杂，仲裁庭多次合议并先后三次开庭审理本案。仲裁期间，仲裁庭还应双方当事人的要求委派专门机构进行证据鉴定，并移交有关人民法院采取了财产保全措施。然而，就在仲裁庭将本案的基本情况查清即将作出裁决的时候，申请人要求撤销本案。

仲裁申请人有撤案申请权，但考虑到本案具体情况，被申请人为参与本案仲裁投入了大量的时间、精力和财力;而且为了避免当事人为同一争议反复提起仲裁，迫使另一方不得不反复应诉，仲裁庭可以要求申请人对被申请人为参与本案所支付的费用作出适当的补偿。

这就提出了一个问题，即撤回仲裁申请是否需要征得被申请人的同意?对于这一点，笔者认为，在被申请人已经提交了答辩书或者已经作了实质性的答辩准备的情况下，申请人如欲撤回仲裁申请的，应当征得被申请人的同意。其理由在于：《仲裁法》在赋予申请人撤案申请权的同时，亦应当注意加强对被申请人合法权益的保护。具体来讲，在申请人提出仲裁申请且被仲裁委员会受理之后，被申请人即因此而被动地进入了仲裁程序，不得不花费大量的时间和精力进行答辩，而且为了进行仲裁活动和委托代理人，还必须支付相当一笔费用。在此背景下，如果被申请人认为申请人的仲裁请求在法律上不能成立或者毫无道理，那么被申请人就很可能因此而希望将业已开启的仲裁程序进行到底，以达到分清是非、明确责任的目的。因此，为了保护被申请人的合法权益，《仲裁法》显然应当考虑其对申请人撤回仲裁申请的态度。另外，申请人撤回仲裁申请后，是可以重新申请仲裁的，而一旦仲裁程序再行启动，被申请人将会再次受到申请人的“搅扰”，并且又要付出一定的时间、精力和费用。从这个角度来看，在处理撤案申请权问题时，如果全然不顾及被申请人的意愿，显然也是有欠公正的。