在股权转让协议纠纷中，如果双方当事人对管辖法院有约定且约定有效的，应适用其约定；没有约定或约定不明，应适用法律规定，即由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。

对于被告所在地，人们一般不会有歧义。而对于股权转让的合同履行地，应为股权转让的目标公司的公司注册地。因为，公司股权转让纠纷的特殊性在于转让行为需要向公司注册地的登记机关履行相应手续方可完成（如果是外资企业，在工商变更之前还需要商务主管部门的批复，否则股权转让合同不生效），因此，以公司注册地作为此类案件的管辖地也是国际上通行的做法。

法律依据：

《公司法》第七十一条有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。

股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权，不购买的，视为同意转让。

一、股权转让中的债权债务如何约定

股权转让债权债务最常见的约定方式为：股权转让合同生效之前的债务由原股东承担，股权转让合同生效之后的债务由新股东承担。

股东在签订股权转让协议时，切记要注意股权转让与转让前的公司债权债务承担是两个不同的法律关系。股东之间或股东与公司股东以外的第三人在签订股权转让协议、并约定股权转让款之后，即受让人应当按协议约定支付款项，出让人应当按照协议的约定，履行出让义务，办理股权出让的各种必经程序。至于公司的债权债务清理及股东内部责任的承担则属于另外一个法律关系，可以由各利益相关方另行商议，协商不成甚至可以另行起诉来解决相关纷争。退一步讲，即使股东想将这两方面的事务一并解决，也一定要在相关协议中约定明确各自的权利义务，以避免因法律关系的概念混淆而产生争议和诉累，造成不必要的损失。

在股份转让中，应按照法律依据的流程填写相关的协议，并提前约定债权债务，股份转让涉及专业知识多，且涉及到很大的利益关系，应提前进行相关方面的法律咨询，以确保自己的利益。