保护中小股东合法权利的方法如下：

1、中小股东可以通过单独或者联合行使召集和主持股东会会议的权利，以维护自己的合法权益；

2、中小股东有权依法转让自己的股权；

3、股权优先购买权，这是所有股东享有的一项特权；等等。

一、股东权利如何分类

股东权利的分类如下：

1、根据权利行使的目的，可自益权和共益权。自利权是指股东为自身利益行使的权利，如发给股票或其他股权证明请求权、股份转让权、股息分配请求权、公司剩余财产分配请求权等。共同利益是指股东为自身利益和公司利益行使的权利。如出席股东大会并投票，请求法院宣布股东大会决议无效，请求召集股东临时会议或自行召集；

2、根据权利主体的不同，可分为普通股东权和特别股股东权。前者是指一般股东享有的权利，后者是专属特别股股东享有的权利。特别股股东权利的范围、行使顺序、金额、优惠待遇限制一般在公司章程中规定。

3、根据权利的性质，可分为固有权和非固有权。前者是指根据公司法规定不得剥夺章程或者股东会议的权利，如特别权和共益权，后者是指可以根据公司章程或者股东会议剥夺的权利，自益权多为此类权利。

二、股份有限公司的股东有哪些权利

(1)发给股票或其他股权证明请求权;

(2)股份转让权;

(3)股息红利分配请求权，即资产收益权;

(4)股东会临时召集请求权或自行召集权;

(5)出席股东会并行使表决权，即参与重大决策权和选择管理者的权利;

(6)对公司财务和监督检查权和会计财簿的查阅权;

(7)公司章程和股东会、股东大会会议记录、董事会会议决议、监事会会议决议的查阅权和复制权;

(8)优先认购新股权;

(9)公司剩余财产分配权;

(10)权利损害救济权利和股东代表诉讼权;

(11)公司重整申请权;

(12)对公司经营的建议与质询权。

三、股东权的权利可以怎么分类

股东权的权利的分类具体如下：

1、依权利行使之目的为标准，可分为自益权与共益权。

自益权是指股东专为自己利益行使的权利，如发给股票或其他股权证明请求权、股份转让权、股息和红利分配请求权、公司剩余财产分配请求权等。

共益权是指股东为自己利益同时也为公司利益而行使的权利，如出席股东会并表决权、请求法院宣告股东会决议无效权、请求召集股东临时会或自行召集权。

2、依权利主体之不同为标准，可分为普通股股东权和特别股股东权。前者是指一般股东享有的权利，后者则是专属特别股股东所享有的权利；

有关特别股股东权利的范围、行使顺序、数额、优惠待遇限制等一般都在公司章程中加以规定。我国公司法对此未作规定。

3、依权利之性质为标准，可分为固有权和非固有权。前者指根据公司法规定不得以章程或股东会议予以剥夺的权利，如特别权与共益权，后者指可依公司章程或股东会议加以剥夺的权利，自益权多属此类权利。