1、自然人股权转让时法律手续不符合税收法律规定

在实际中，许多自然人在转让股权时通常私自签订平价或折价的股权转让协议，在当地的工商部门办理变更登记手续后不去税务局备案，这个是不符合税法规定的，会受到税务的稽核和处罚。

自然人在转让股权后，应该将变更后的营业执照，股权转让协议、银行回单凭证等在税务机关备案，如果不是平价转让的，还要申报个人所得税。

2、申报的股权转让收入价格不公允

许多自然人为了少申报或不申报个人所得税，通常会在合同中约定不符合独立交易交易原则的条款，比如折价或平价转让，甚至有些新三板挂牌企业在转股系统中以很低的价格转让，以规避所得税。

67号文规定，被转让企业拥有土地、房屋等重大资产的，应以股权对应的净资产的公允价值(而非账面价值)为标准来衡量股权的转让价格是否偏低。如果符合67号文12条规定的情形，税务机构可以认为股权转让收入明显偏低，可以进行核定征收。

3、留存收益过高导致溢价过高多交企业所得税

根据国税函(2010)79号文的规定，企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。

建议：在发生股权转让时，可以先将留存收益进行分配(居民企业股东分配的股息、红利等投资收益免税)，降低净资产，再转让股权，从而降低股权转让的价格和转让所得，介绍企业的所得税。

一、个人股权转让流程

1、根据公司法规定，有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。这里的股东也就是所谓的个人，对于个人而言，向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。

2、经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。

3、股权转让的手续：签订股权转让协议及其他文件，修改公司章程，修改股东名册，更换出资证明书，到工商局办理变更登记。

4、转让人与受让人先行签订股权转让协议，而后由转让人在公司中履行程序及实体条件，但这种方式存在不能实现股权转让的目的，以受让人来说风险是很大的，一般来说，受让人要先支付部分转让款，如股权转让不能实现，受让人就要承担追回该笔款项存在的风险，包括诉讼、执行。