夫妻一方不承认分居事实，另一方可以通过向法院提交以下证据证明双方已分居两年：

一、一方在外居住的房屋租赁合同；

二、双方签订的夫妻分居书面协议，如果是口头协议，必须对方承认；

三、一方向另一方发出的书面分居文书；

四、双方来往的书信、电子邮件等能证明双方感情不和分居的事实。

应该怎么证明夫妻分居两年

1、分床不分房，法院难认定是分居

因为受到经济条件的限制，大多数的夫妻还只拥有一个住处，或者无力负担长期在外单独租房居住，因此夫妻感情不和后，同房不同床，各自分灶吃饭。在一方提起诉讼离婚时，如果另外一方不承认分居事实，外加夫妻同居是纯属私人事务，他人很难为此作证，因此法院一般不予采信。

2、夫妻异地居住，不一定是法律意义上的“分居”

有的夫妻因为就业、学习等的原因并不在一个地方生活，所以地理意义上的夫妻异地居住不一定是法律上说的分居，法律上的分居是以夫妻双方因为感情不和而不存在性生活的共同居住，互相不履行夫妻义务为标志。不过如果异地生活的夫妻相互间感情不和的，也可以构成法律意义上的分居，但是必须要有夫妻双方感情不和的书信等书证及其他证据来证明。

3、能证明夫妻分居的常见证据：

（1）一方在外居住的房屋租赁合同；

（2）双方签订的夫妻分居书面协议，一定是要书面的，口头协议必须对方承认；

（3）一方向另一方发出的书面分居文书，最好是用快件性质邮寄，在备注栏里注明“分居”，并且保留邮寄凭证，从邮寄之日起到提起离婚期间属于夫妻分居时间；

（4）双方来往的书信、电子邮件等能证明双方感情不和分居的事实；

（5）人证也可以，比如双方都认识的朋友或者亲戚，不过因为证人往往和为其作证的一方有利害关系及分居是夫妻“私事”，所以单独的证人证言难为法院采信，要辅佐以其他的证据。

《民法典》第一千零七十九条，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。

人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。

有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：

（一）重婚或者与他人同居；

（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；

（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；

（四）因感情不和分居满二年；

（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。

一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。

经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。