1、专利权的行政保护：

主管机关为国家知识产权局和地方知识产权行政管理部门，负责对专利纠纷进行行政调处。专利纠纷主要包括：专利侵权纠纷、专利权属纠纷等。知识产权管理机关受理专利纠纷案件的条件如下：调处请求人必须是与纠纷和争议有直接利害关系的单位或个人；有明确的被请求人；有具体要求和事实依据；属于知识产权管理机关管辖范围和受案范围；当事人尚未向人民法院起诉。

2、商标权的行政保护：

主管机关为侵权行为地的县级以上工商行政管理部门，负责对侵犯商标权的行为进行行政处罚。

3、著作权的行政保护：

主管机关为国家版权局和地方著作权行政管理部门，负责对侵犯著作权的行为进行行政处罚。

一、侵犯知识产权的诉讼时效

侵犯知识产权的诉讼时效为2年，自权利人知道或应当知道之日起计算。专利权、商标权或著作权的权利人超过2年起诉的，如果该知识产权仍在保护期内，人民法院应当判决责令被告停止侵权行为；侵权损害赔偿数额应当自权利人向人民法院起诉之日起向前推算2年计算。

最高人民法院2001年发布的《关于审理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》第23条、2002年发布的《关于审理著作权民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第28条、2002年发布的《关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第18条规定：

专利权人、著作权人、商标权人超过2年起诉的，如果侵权行为在起诉时仍在持续，在专利权、著作权、商标权有效期限内，人民法院应当判决被告停止侵权行为，只是损害赔偿数额自权利人向人民法院起诉之日起向前推算2年计算。

二、知识产权著作权案件如何处理

1、调解。《著作权法》第五十五条第一款规定，著作权纠纷可以调解。调解，是纠纷当事人按照自愿的原则，在互相谅解的基础上达成协议解决纠纷的一种方法。当然，达成协议后，很可能也会出现一方反悔、不执行调解协议，调解失败，当事人还可以向人民法院提起诉讼，请求判决。

2、仲裁。《著作权法》第五十五条第二项规定：，也可以根据当事人达成的书面仲裁协议或者著作权合同中的仲裁条款，向仲裁机构申请仲裁。仲裁，是仲裁机构依法行使的解决著作权纠纷的法律行为，具有最终的法律效力，只有一方不履行仲裁裁决，另一方才可以提起诉讼。

3、诉讼。诉讼是通过司法程序解决纠纷的方式，主要用于：

当事人直接因著作权纠纷向人民法院诉讼解决；

通过调解达不成协议或者一方在达成协议后反悔，另一方通过诉讼解决纠纷；

一方不执行仲裁裁决，另一方提起诉讼解决。

诉讼的时效期为二年，超过二年失去胜诉的机会。