停工留薪期工资与伤残等级鉴定后补偿无关，不需要扣除。根据《工伤保险条例》第三十三条规定，工伤职工停止工作，治疗工伤期间，包括住院期间和出院后休养期间，称为停工留薪期，按遭受事故伤害前正常上班期间工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。工伤职工的停工留薪期应当凭职工就诊的签订服务协议的医疗机构，或者签订服务协议的工伤康复机构出具的休假证明确定。停工留薪期超过12个月的，需经设区的市劳动能力鉴定委员会确认。设区的市劳动能力鉴定委员会确认的停工留薪期结论为最终结论。工伤职工停工留薪期的“原工资”，《工伤保险条例》未定义，各地规定大致有两种计算方法：一是指加班费之外的工资；二是受伤前12个月平均工资。工伤职工停工留薪期享有的待遇与伤残等级鉴定无关，不受影响，但用人单位对医疗机构假条建议的停工留薪期有异议，申请了劳动能力鉴定委员会确认的，停工留薪期时间按劳动能力鉴定委员会确认的时间为准。《工伤保险条例》第三十三条职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月。伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。工伤职工评定伤残等级后，停发原待遇，按照本章的有关规定享受伤残待遇。工伤职工在停工留薪期满后仍需治疗的，继续享受工伤医疗待遇。生活不能自理的工伤职工在停工留薪期需要护理的，由所在单位负责。《广东省工伤保险条例》第66条本条例中下列用语的含义：

（二）原工资福利待遇，是指工伤职工在本单位受工伤前十二个月的平均工资福利待遇。工伤职工在本单位工作不足十二个月的，以实际月数计算平均工资福利待遇。河南省人力资源和社会保障厅《关于工伤保险若干问题的意见》

十四、《工伤保险条例》第三十三条中“原工资福利待遇”应理解为“职工在因工作遭受事故伤害或者患职业病前正常出勤情况下，应享受的工资福利待遇（延长工作时间的工资报酬除外）”。