一、实质性相似是指被告的作品与原告的作品相似到一定程度，除了解释为复制而不可能有其他的解释。

可分为两类：文字成分的相似和非文字成分的相似。后者则强调从整体上感受，以整体上的相似作为两个程序之间实质性相似的依据，主要是指程序的组织结构、处理流程、使用的数据结构、所要求的输入形式、所产生的输出方式等方面的相似。由于非文字成分一般来说不属于软件的表达，通过非文字成分的相似而判断两程序的实质性相似的方式已被放弃。

二、计算机软件侵权中的接触一般只要求原告证明被告有接触目标程序的可能，原告只需要证明其软件产品先于被告销售。

三、意图通过直接对他人目标程序的修改来开发自己的目标程序，同时开发出对应的源程序是不现实的。所以，在具备接触原告目标程序的情况下，即使双方的目标程序的相似度很大，也不能直接作为判决的依据，仅凭目标代码相似比例判断侵权与否，这根本上否认了创作巧合的存在。

四、实质性相似中的“过滤”：过滤时应考虑以下几点因素：其一，因表达方式受限而导致相似的程序代码的过滤；其二是受外部因素限定的内容，例如软件兼容性的制约、硬件环境的限制(尤其是嵌入式软件开发、直接受到所使用的芯片的限制)、软件所应用的行业的要求等；其三是该领域有限的表达。

五、在鉴定比对过程中，注意程序员在开发时故意放置的错误代码或死代码。

六、被告接触原告源代码时鉴定对象的选择：

首先将原告源程序编译成目标程序，因为源程序是软件开发者身份的证明，没有源程序的支持，目标程序无法独立存在，如果该源程序无译成目标程序，则原告有可能因无法证明其设计开发了相应程序而承担不利的后果。如果被告未提交源程序，将编译后的目标程序与被告目标程序进行比较，构成相似则构成侵权，否则不构成侵权。

如果被告提交了源程序，应当确定被告源程序与涉案目标程序的关系，即同一性问题，如果满足同一性，则直接将原被告双方的源程序进行比较，构成实质性相似则侵权，否则相反；如果不满足同一性，则与被告未提交源程序时采取的方式相同。