补充协议不能独立存在。补根据法律规定，充协议是对原合同的补充或者变更，是主合同的从合同，补充合同依附于主合同而成立，没有主合同，就不会产生补充合同。

一、补充协议是否有效呢？

补充协议是否有效需要按实际情况判断，具体情况如下：

1、如果合同主体与相关权利义务的关系可以从补充协议的内容中确定，则补充合同是独立有效的合同，而不是原合同。因此，即使主合同无效或被撤销，补充协议的效力也不会受到影响；

2、补充协议内容不独立的，必须结合原合同内容确定合同主体和双方的权利义务，补充合同实际上是原合同，原合同有效，补充协议有效，原合同无效，补充协议无效；

3、补充协议与原合同的内容也可能存在矛盾或不一致。如果原合同和补充合同没有特别约定两份合同之间存在矛盾或不一致，则必须以哪份合同的内容为准，则补充协议的时间一般在后面，以补充协议为准。

签订合同后，发现有些事项没有达成完善的协议，往往会签订补充合同。

二、主合同与补充协议的联系

“补充协议”或者称为“协议补充”，是指当事人对于合同中的内容没有约定或者约定不明确的，而达成的协议。“补充协议”是相对于已经存在的合同而言的，“协议补充”就是通过协议方式补充已经存在的合同中存在的漏洞。因此，已经存在的合同与“补充协议”之间是主从关系。主合同与补充协议的联系：1、补充协议是对主合同未明确事项或变更事项的补充约定。2、效力上一般是优先遵循补充协议约定。3、与主合同不冲突补充协议可以作为主合同的补充，应当有效；当主合同与补充合同产生冲突时，只要主合同中没有“不允许补充协议对主合同修改”的限制条款，一般应以补充合同为准。

三、补充协议一般有哪些

补充协议一般如下：

1、主合同编号及甲乙双方在主合同中的基本信息；

2、注明签订补充协议的原因；

3、变更主合同条款的内容要写清楚；

4、说明补充协议的有效性；

5、说明补充协议的生效时间；

6、甲乙双方应签字盖章，签字是指甲乙双方表示愿意按照补充协议的内容履行相应的义务。