行政诉讼时效制度与行政行为效力理论、行政权力效率理论、分权制约均衡理论、现代诉讼效益理论的相关内容相结合而产生的一项重要制度，它对于保护当事人权益、稳定行政法律关系及社会秩序、保障行政诉讼顺利进行具有重要意义。

在行政诉讼时效制度中还存在不少问题和缺陷，不仅增加了当事人复议和诉讼的难度，亦给人们的认识和审判实践造成了不必要的混乱。主要表现在：

1、从立法角度上看，有关行政诉讼时效的相关立法不统一、不协调。

《行政诉讼法》第38条第2款规定：申请人不服复议决定的，可以在收到复议决定书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。复议机关逾期不作决定的。申请人可以在复议期满之日起十五日内向人民法院提起诉讼。法律另有规定的除外。第39条规定：公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当在知道做出具体行政行为之日起二个月内提出。法律另有规定的除外。前者是关于复议前置案件诉权的起算期限和有效期限的规定，后者是关于直接起诉案件诉权的起算期限和有效期限的规定。我们认为无论是直接起诉的案件还是复议前置的案件，他们的诉讼时效都应该是一致的，差异不宜过大，否则因复议与诉讼关系的复杂性导致起诉期限的矛盾选择仍不可避免。

2、从司法解释上看，不作为行政诉讼起诉期限立法不明确，司法解释越位。

《行政诉讼法》以及《若干解释》所确定的起诉期限基本上是以作为的行政行为为基础的，对于不作为没有给子必要的关注。《若干解释》仅仅是司法解释，制定主体为最高人民法院。在权利结构中，司法权和行政权之间是平行的，司法权只是由于受到法律的特别授权，取得了在一定范围内监督行政权的地位。司法机关无权在行政机关做成某行为的规范性文件缺失的情形下就其行为期限作出规定。《若干解释》宗旨在于发挥司法权对人权的保护作用，但是相关的法律中却没有关于法院如何在行政诉讼中应对紧急情形的配套制度。

3、从制度设计上看，行政法律、法规和相关程序法没有规定行政诉讼时效中止和中断制度，由此导致行政相对人合法权益得不到保护，司法机关亦无能为力的现象相对普遍。

行政相对人对有关行政机关的作为与不作为，虽几经申诉、上访，但由于有关部门对其问题或争议未能做出实质性处理，即使只有此协调性的建议和意见，也由于行政措施和手段之不规范与非法制化，导致有此问题久拖不决，而行政诉讼时效中止和中断制度之缺失，更加剧了其通过复议与诉讼的法律手段解决这此问题的难度。