1、税务登记不完善，易引发投资信息难追踪的风险，导致少缴税款。

根据调研，部分合伙型基金由于对税收政策不够熟悉而未及时进行税务登记;有些进行税务登记的合伙型基金，登记较为随意，很多基金仅在地税部门办理税务登记，没有在国税部门登记。对于已进行国税税务登记的基金，信息也相对有限，尤其是投资信息披露较为简易，缺少对投资者、投资金额、投资收益、分红情况等信息的备案和披露，这对于基金投资人的税收管理极为被动，容易引发监管漏洞。特别值得注意的是，随着“营改增”的推进，有些基金的业务属于“营改增”范围，但没有参与“营改增”，留下了很大税务风险。

2、基金核算不规范，易引发会计信息不透明的管理风险。

调研发现，目前基金项目存在监管漏洞，部分私募股权基金的基金管理人名下有“两套账”;私募股权基金不按规定独立运作、单独设账核算，基金管理机构与投资基金主体之间存在相互开票、费用混合列支等混乱现象，监管机构无从掌握基金的投资收益和分红等财务情况，而基金管理人对企业投资者无代扣代缴义务。因此，监管机构对基金投资人中企业投资者的监管存在一定的税务风险

3、对“先分后税”的理解不到位，易导致投资者滞后纳税的风险。

按照91号文件和159号文件规定，合伙企业不是所得税纳税主体，但是应纳税所得的核算主体，“先分后税”的原则体现“穿透”税制的理念，与法人所得税税制不同。穿透税制下的合伙企业所得税，合伙人不同于股东，每个纳税年度无论合伙企业是否分配，均须计算出合伙企业的经营成果，并将该成果在各个合伙人(投资者)之间划分、分割，合伙人应以此缴纳税款。也就是说，无论是否分配，合伙人都应将划分所得合并自身经营所得一同缴纳税款。但实践中，调研发现部分私募基金投资者，对“先分后税”的“分”理解为分配而不是划分，普遍存在不分红、不纳税的现象。随着投资基金规模的扩大，尤其是PE、VC投资的对象都属于朝阳产业，投资期较长，一般投资5年以上才对收益分红，投资者滞后纳税的风险也逐渐增加。

4、投资人身份不能“穿透”，易带来收益错享税收优惠的风险。

对于有限合伙形式的私募股权基金，现行税收法规对基金将投资收益分配至合伙人是否保留其原有属性并按照其原有属性征税成为值得关注的焦点问题。按照企业所得税法及相关规定，居民企业直接投资于其他居民企业取得的股息、红利等权益性投资收益为免税收入。但居民企业作为基金的合伙人通过基金投资于其他居民企业取得的股息、红利，由于是间接投资，企业所得税法规定的免税收入是“直接”收入，而非“间接”分回的收入，因此虽然合伙制私募股权基金按“实质重于形式”的原则具有“投资管道”的形式特征，但是现行税法并未对其真正赋予“管道”主体意义，因此不能享受税收优惠。在税法并未作出进一步明确规定之前，这是造成补缴税款的重要税收风险点。