第三方环境保护监督是公众参与环境治理和环境保护的有效方式，但还存在一定难题：

1、数量为限。第三方环境保护监督以环境公益诉讼案件为前提，虽然主动权可以掌握在原告(一般为NGO)手中，但环境公益诉讼案件的发展还处于起步阶段，不成熟，就全国来说，环境公益案件也屈指可数。并且，还不是每一个环境公益案件的判决或调解的履行都需要第三方监督。

2、第三方环境保护监督中的第三方与法院的关系。第三方的介入应当可分为两种情况，一是被告自觉履行的情况下，接受当事人委托;一是被告未自觉履行，原告向法院申请执行的情况下，接受法院委托。贵阳公众环境教育中心参与了两起第三方环境监督均属于自觉履行的情况。

在自觉履行判决或调解情况下，根据《民事诉讼法》规定，法院并不主动介入履行程序。此时，第三方系接受原告与被告的共同委托，与原、被签订三方协议，法院不是协议当事人。但由于环境公益诉讼本身的特殊性及环境公益诉讼判决书或调解书内容履行的特点，在签订三方协议时，仍约定第三方向法院通报情况及提交监督工作总结报告，自觉接受法院的监督。

当事人不自觉履行判决或调解，原告申请法院强制执行，由于环境公益诉讼判决书或调解书内容履行具有长期性、持续性和专业性等特点，执行法院可能在时间、专业上不具备监督被告执行的能力，需要专业机构和人员帮助执行法官完成执行任务。此时，第三方接受法院的委托，充当执行辅助人的角色。

无论是自觉履行还是强制执行，法院均充当了一定角色，发挥了一定作用，而第三方的监督亦是必要的。但现在对此并没有相应规定，笔者认为可以在相关的司法解释中予以明确，促使制度形成。

3、监督费用。监督费用应当由被告承担主毫无疑问的，但是，还涉及数额、用途、支付方式问题。数额和用途实质上是一个问题，第三方在监督过程中的哪些费用应当计入监督费用，是否包括管理费用等均没有规定，现阶段采取协商确实的方式。

关于支付方式，如果是被告直接向第三方支付，是否会产生利益冲突，导致第三方不敢监督、监督不力等问题。现阶段采取被告将监督费用先全部支付到法院账户，再由法院根据第三方监督协议约定支付给第三方。既回避了前述问题，亦可让法院对第三方的工作形成有效监督。