工资超过5000的部分适用百分之三至百分之四十五的扣税百分比。扣税申报的方式有上门申报、邮寄申报和数据电文申报三种。发工资扣税是由企业进行核算代扣的。

一、工资超过5000怎么扣税百分比

资超过5000的部分适用3%—45%的超额累进税率进行扣税百分比。应纳税所得额=工资收入金额－各项社会保险费－起征点（5000元）。应纳税额=应纳税所得额x税率-速算扣除数。

《个人所得税法》第二条，下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：

（一）工资、薪金所得；

（二）劳务报酬所得；

（三）稿酬所得；

（四）特许权使用费所得；

（五）经营所得；

（六）利息、股息、红利所得；

（七）财产租赁所得；

（八）财产转让所得；

（九）偶然所得。

二、扣税申报的方式有哪几种

扣税申报的方式有以下几种：

1.上门申报，纳税人或是扣缴人可以在纳税申报期间内到主管部门的办理大厅进行办理纳税申报工作。

2.邮寄申报，纳税人采取邮寄方式办理纳税申报的，应当使用统一的纳税申报专用信封，并以邮政部门收据作为申报凭据。邮寄申报以寄出的邮戳日期为实际申报日期。

3.数据电文申报，纳税人采取电子方式办理纳税申报的，应当按照税务机关规定的期限和要求保存有关资料，并定期书面报送主管税务机关。

三、发工资扣税是怎么扣税的

发工资扣税方法为由企业进行核算，并在发放给职工前进行代扣代缴，然后统一到当地地税局申报缴纳。工资扣税等于全月应纳税所得额*税率-速算扣除数全月应纳税所得额。

《个人所得税法》第六条，应纳税所得额的计算：非居民个人的工资、薪金所得，以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额；劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得，以每次收入额为应纳税所得额。

《中华人民共和国个人所得税法》（2018修正）：　第六条　应纳税所得额的计算：\n（一）居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。\n（二）非居民个人的工资、薪金所得，以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额；劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得，以每次收入额为应纳税所得额。\n（三）经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。\n（四）财产租赁所得，每次收入不超过四千元的，减除费用八百元；四千元以上的，减除百分之二十的费用，其余额为应纳税所得额。\n（五）财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。\n（六）利息、股息、红利所得和偶然所得，以每次收入额为应纳税所得额。\n劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得以收入减除百分之二十的费用后的余额为收入额。稿酬所得的收入额减按百分之七十计算。\n个人将其所得对教育、扶贫、济困等公益慈善事业进行捐赠，捐赠额未超过纳税人申报的应纳税所得额百分之三十的部分，可以从其应纳税所得额中扣除；国务院规定对公益慈善事业捐赠实行全额税前扣除的，从其规定。\n本条第一款第一项规定的专项扣除，包括居民个人按照国家规定的范围和标准缴纳的基本养老保险、基本医疗保险、失业保险等社会保险费和住房公积金等；专项附加扣除，包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或者住房租金、赡养老人等支出，具体范围、标准和实施步骤由国务院确定，并报全国人民代表大会常务委员会备案。