作为以品牌(商标)为基础的大型现代化制药集团，云南白药集团股份有限公司历来重视知识产权的创造、运用、管理和保护。截至2009年底，集团共申请专利252项，获授权160项;申请商标注册714件，获准授权商标416件;登记版权4项。其中9项国家秘密技术、15个国家中药保护品种。云南白药系列产品获得云南省首批原产地标记证书。这些专利产品均得到了产业化推广。

截至2009年底，云南白药集团共有云南白药系列产品、宫血宁胶囊、云南白药牙膏、血塞通注射剂、风热感冒颗粒、风寒感冒颗粒、血塞通胶囊、益脉康片等14个产品获云南省名牌产品称号。云南白药、云丰等8件商标再次被认定为云南省著名商标。云南白药气雾剂及其制备方法专利曾获第七届中国发明专利优秀奖，云南白药商标(中药)被国家工商行政管理总局商标局认定为中国驰名商标。2004年云南白药集团技术质量部获全国专利系统先进集体称号。2009年12月集团一种治疗皮肤创伤的贴剂及其制备方法专利获第十一届专利优秀奖。

目前，云南白药商标已在美国、新加坡、欧盟、澳大利亚、马来西亚、加拿大和香港等19个国家和地区成功注册。2009年云南白药品牌价值63.15亿元，列第128位，在医药品牌中名列第三。

自2007年被列为全国企事业单位知识产权示范创建单位、云南省百户企业知识产权示范企业以来，云南白药集团研究、制定、实施《云南白药集团知识产权发展规划》，形成全方位、多层次、立体式知识产权保护体系。集团建章立制，加强宣传培训，全面营造企业知识产权文化。此外，大力提高企业自主知识产权的创造和实施能力，培育核心竞争力。近年来，集团每年投入资金近百万元专门用于知识产权申请、维护和产业化。公司专利产品云南白药气雾剂、云南白药创可贴、宫血宁胶囊单品种销售额超过2亿元;云南白药牙膏销售额达6亿多元。云南白药创可贴的销售额超过美国强生公司邦迪创可贴，成为强生公司在中国境内创可贴头号竞争对手。现在，这几项已授权专利产品已成为云南白药集团的主导产品，专利产品销售收入逐年增加，创造了云南白药新的经济增长点。