检察院让签认罪认罚后不起诉是合法的。

1、根据法律规定，检察院对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。

2、构成刑事犯罪的，要依据触犯的罪名，根据犯罪的事实、犯罪的性质、情节和对于社会的危害程度等因素，依据刑法规定的标准进行处罚。

一、免于起诉和不予起诉的区别

(1)不起诉是在犯罪嫌疑人没有构成犯罪或者虽然构成犯罪，但依照法律规定不应追究刑事责任的情况下，才可以使用;免予起诉是被告人的行为已经构成犯罪，在应负刑事责任的前提下，只是由于刑法规定不需要判处刑罚或可以免除刑罚的情况下才可以使用。

(2)不起诉是有明确的法律规定的，只要存在法律上规定的不追究刑事责任的情形之一时，人民检察院就应作出不起诉的决定;免予起诉的适用，需由人民检察院根据案件的具体情况，斟酌法律上的规定作出具体决定。

不起诉是指人民检察院对公安机关侦查终结移送起诉的案件，经审查认为犯罪嫌疑人不构成犯罪或者依法不应追究其刑事责任，从而决定不向人民法院起诉的一种决定。由于免予起诉的取消，对于其适用的对象，则扩充到不起诉中来。根据刑事诉讼法第16条规定，不起诉决定的适用范围是：

(1)情节显著轻微，危害不大，不认为是犯罪的;

(2)犯罪已过追诉时效期限的;

(3)经特赦令免除刑罚的;

(4)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的;

(5)犯罪嫌疑人死亡的;

(6)其他法律规定免予追究被告人的刑事责任的。凡是不起诉的案件.应制作不起诉决定书。

免予起诉是检察机关对虽构成犯罪，但依法不需要判处刑罚或者可以免除刑罚的被告人作出的免予追究刑事责任的决定。根据原刑事诉讼法的规定：免予起诉仅适用于同时具备以下条件的被告人：

(1)被告人的行为触犯了刑法，已构成犯罪;(2)具有刑法规定的不需要判处刑罚或免除刑罚的情节。

二、刑事案件中检察院可以做出不起诉决定吗

在符合法定条件下，检察院可以作出不起诉的决定，比如说：

1.人民检察院对于退回补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉决定；

2.对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定；

3.犯罪嫌疑人自愿如实供述涉嫌犯罪的事实，有重大立功或者案件涉及国家重大利益的，经最高人民检察院核准，人民检察院可以作出不起诉决定等。

三、哪些情况检察院才会不提起公诉

1、法定不起诉。

根据《刑事诉讼法》，其适用条件为：情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；犯罪已过追诉时效期限的；经特赦令免除刑罚的；依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；犯罪嫌疑人、被告人死亡的；其他法律规定免予追究刑事责任的。

2、酌定不起诉。

由《刑事诉讼法》第142条第2款规定：“对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。”

3、存疑不起诉。