夫妻三年不在一起不能自动离婚。我国法律上并没有自动离婚一说，夫妻一方想要离婚的，可以选择协议离婚或者是诉讼离婚的方式。

1、诉讼离婚：男女一方要求离婚的，可由有关部门进行调解或直接向人民法院提出离婚诉讼。

人民法院审理离婚案件，应当进行调解;如感情确已破裂，调解无效，应准予离婚。

2、协议离婚：男女双方自愿离婚的，准予离婚。双方必须到婚姻登记机关申请离婚。婚姻登记机关查明双方确实是自愿并对子女和财产问题已有适当处理时，发给离婚证。首先，三年不在一起并不能成为离婚的理由。生活中，夫妻分居的原因有很多种，比如异地工作等等。因此，并不是只要分居就可以作为离婚的理由。按照法律的规定，必须是因为感情不和分居导致分居满两年，才可以作为离婚的理由。其次，因感情不和导致分居满两年只是法院作为判定准予双方离婚与否的一个考虑因素，法院必须根据整个案情，判断夫妻感情是否确已破裂。最后，因感情不和导致分居满两年不能自动离婚。法律没有规定分居可以自动离婚，离婚必须按照法律程序进行，分居两年不可以自动离婚、分居多久都不可以自动离婚。

分居离婚的条件有哪些：

1、必须是因感情不和而分居。

夫妻分居，有客观原因造成的、感情不和造成的、以及双方自愿协议分居的等多种情况。比如，夫妻分别在两地工作，因相隔遥远而没有同居条件，或一方在外面打工无法同居的。这种夫妻分居，并不是因感情不和而造成的，即使分居的时间再长，也不符合“因感情不和而分居”的法定应准予离婚的情形。

还有的情况是，夫妻感情尚好，但由于某种原因自愿实行分居。这种情况，也不符合“因感情不和而分居”的法定应准予离婚的条件。

作为应准予离婚的法定情形的分居，必须是因夫妻感情出现问题，感情不和、感情破裂、相互厌恶而造成的分居。

2、分居必须是连续的，且已满两年。(不能累计)

首先，从夫妻实际分居的第二日算起，到向法院立案提起离婚诉讼时为止，时间必须满两年。

其次，分居必须是持续的，分居时间必须连续计算。如果分居后又同居，则应从同居后又分居的次日重新计算。不能把前后几次分居的时间累加计算。

3、夫妻分居的实质是互不履行夫妻性生活之义务。

对于夫妻因感情不和而“分居”的理解，不能只简单的理解为分开居住。有些夫妻因家庭住房条件所限，并非感情不和也在分别居住。但是，这种分居并不排除夫妻之间的性生活。他们可以利用种种办法，来满足夫妻之间的相互需要。所以，作为法定应准予离婚的夫妻分居的实质，在于夫妻因感情不和而互不履行夫妻性生活之义务，并持续长达两年。

4、“夫妻分居满两年”须以证据证明。

我国婚姻法虽然将“因感情不和分居满两年”规定为法定的可以准予离婚的情形之一，但是，在实践中要想凭借这条规定而达到离婚之目的，却着实不易。因为，诉讼的灵魂是证据，法庭认定必须要靠证据的支持。

夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。

人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。

有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：

（一）重婚或者与他人同居；

（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；

（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；

（四）因感情不和分居满二年；

（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。

一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。

经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。