有限公司转让股权收入应当缴纳个人所得税。转让股权收入属于财产转让所得，适用比例税率，税率为百分之二十。以股权转让收入减除取得股权所支付的金额和转让过程中所支付的相关合理费用后的余额，为应纳税所得额。

一、股权无偿转让不用交税情况

无偿转让股权的税收问题分以下三种情况：

1、对于继承、遗产处分、直系亲属之间（父母、养子女、继父母、继子女、兄弟姐妹、岳父母、祖父母、外祖父母及其他近亲属；遗产处分是指股权所有人死亡，依法取得股权的法定继承人、遗嘱继承人或者受遗赠人）无偿赠予股权的情况，对当事双方不征收个人所得税。纳税人需要提供公证机构出具的赠与人和受赠人亲属关系的公证书、抚养关系或赡养关系公证书（或乡镇政府或街道办事处出具的抚养关系或赡养关系证明）、《继承公证书》等相关证明，并填写提交《个人股东变动情况报告表》，税务部门应认真审核并留存复印件。

2、对于无偿赠与获取的不征税的股权再转让的，以股权转让收入减除受赠、转让股权过程中缴纳的税金及有关合理费用后的余额为应纳税所得额，按20％的适用税率计算缴纳个人所得税。

3、对于其他情形的自然人股东将股权无偿赠与他人的，受赠人因无偿受赠股权取得的受赠所得，按照财产转让所得项目缴纳个人所得税，税率为20％。

对于需要缴纳个人所得税的，其个人所得税具体的计算方法为：

股权转让应纳税所得额＝股权转让价—股权计税成本—与股权转让相关的印花税等税费。

股权转让所得应纳个人所得税额＝股权转让应纳税所得额×20％。

二、自然人股权变更需要交税吗

自然人股权变更需要交个人所得税和印花税。以转让股权的收入额减除原值和合理费用后的余额，适用百分之二十的比例税率，计算缴纳个人所得税。但是，如果转让方以原价转让的，不交个人所得税。双方按照产权转移就股权转让书据计贴印花税。适用税率为书据所载金额5‰。

三、自然人股权转让缴纳的税

1．个人转让股权，以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按“财产转让所得”缴纳20％的个人所得税。也就是股权转让所得个人所得税实行差额征收；

2．自然人股权转让，则按照产权转移书据，转让双方应当按照0．05％缴纳。