扣减工程质保金的方式有：

一、最后一次付款时扣除质保金；

二、每次付款时扣除应付款金额乘以质保金的比例；

三、工程开始或结束时单独收取质保金。

一、什么是工程价款结算

工程价款包括几大款项，第一，预付款指开工前发包人应预付给承包人用于为合同工程施工准备的款项。施工准备事项包括购置材料、工程设备、施工设备、修建临时设施以及组织施工队伍进场等。预付款比例一般不低于合同金额的百分之十，不高于合同金额的百分之三十。

第二是进度款，进度款指施工期间发包人根据工程完成情况应支付给承包人的一种工程价款。

第三是结算款，即竣工结算款，指工程竣工结算后发包人应该支付给承包人的除质保金外的剩余工程价款。竣工结算款等于竣工结算价减去质保金和已付款后的金额。竣工结算款支付的前提条件是工程竣工验收合格。

二、工程合同中要规定质保金吗

在合同中都会约定质保金的金额，用做保证与保修。发包人与承包人在建设工程承包合同中约定，从应付的工程款中预留，用以保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修的资金。缺陷是指建设工程质量不符合工程建设强制性标准、设计文件，以及承包合同的约定。

三、预付款在合同中是否必须约定

1、工程预付款的额度。建筑工程的预付款一般不宜超过当年建筑(包括水、电、暖、卫等)工程工作量的50%但也不能低于30%；

大量采用预制构件以及工期在6个月以内的工程，可以适当增加比例。安装工程一般不宜超过当年安装工程量的20%，安装材料用量较大的工程可以适当增加。

2、工程预付款的扣回时间和方式。折回或折抵的方式与比例应在合同中明确约定。

工程预付款支付的时间一般不迟于约定的开工日期前7天。为了能让工程预付款全部用于工程中而不被挪作他用，防止承包方收到工程预付款后不能按时进场施工，发包方可以在合同中约定由发包方对工程预付款的使用情况进行监督的办法。

3、扣回工程预付款的时间和比例，比如在工程进度款支付至25%到75%之间按工程进度款比例扣回。