签订补偿协议应该由产权证的户主签订，即产权房和产权人。

小产权房虽然不能买卖，但也是合法房产，征地拆迁的时候，是应当得到补偿的，只是，这个补偿应当由原房主去领取，小产权房的购房人为了获得拆迁补偿，可以与原房主约定，遇到征地拆迁所获得的安置房、补偿款归购房人所有，这样，即便原房主领取了补偿款不愿意交付给购房者，购房者也可以通过法院取得这笔补偿款。

补偿协议必须采用书面的形式。而有效的补偿协议主要内容应包含：

1、拆迁补偿方式、货币补偿金额及其支付期限；

2、安置用房面积、标准和地点；

3、产权调换房屋的差价支付方式和期限；

4、搬迁期限、搬迁过渡方式和过渡期限；

5、搬迁补助费和临时安置补助费或停产停业损失费，发放标准和支付方式；

6、违约责任和争议解决的方式；

7、当事人约定的其他条款。

如果被拆迁人选择房屋调换，协议中还应当包括安置房屋的价值金额、面积、地点和层次。拆迁协议应当使用市房地资源局制定的示范合同文本，并到区县房地资源局备案。

一、小产权房的拆迁补偿会比大产权房低吗

进行拆迁的时候，如果小产权房是属于合法建筑的，获得的拆迁补偿不会比有证房屋低，如果是违法建筑的，甚至没有拆迁补偿。

《国有土地上房屋征收与补偿条例》

第二十一条

被征收人可以选择货币补偿，也可以选择房屋产权调换。

被征收人选择房屋产权调换的，市、县级人民政府应当提供用于产权调换的房屋，并与被征收人计算、结清被征收房屋价值与用于产权调换房屋价值的差价。

因旧城区改建征收个人住宅，被征收人选择在改建地段进行房屋产权调换的，作出房屋征收决定的市、县级人民政府应当提供改建地段或者就近地段的房屋。

第二十四条

市、县级人民政府及其有关部门应当依法加强对建设活动的监督管理，对违反城乡规划进行建设的，依法予以处理。

市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿；对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。