1、审查内容。检察机关审查行政公益诉讼案件，应当查明：行政机关的法定职责、权限和法律依据;行政机关违法行使职权或者不作为的证据;国家利益或者社会公共利益受到侵害的事实及状态;行政机关违法行使职权或者不作为与损害后果之间存在因果关系;其需要查明的内容。2、讨论及审批程序。行政公益诉讼案件由检察官办案组办理。审查终结的，应当制作《诉前审查报告》并明确提出是否发出检察建议或终结审查的处理意见，并经集体讨论。集体讨论形成的意见，应当报检察长决定。检察长认为必要的，可以提请检察委员会讨论决定。3、审查期限。办理行政公益诉讼案件拟作出终结审查或者提出检察建议决定的，应当自决定立案之日起三个月内办理终结。有特殊情况需要延长的，报经检察长决定。检察机关办理行政公益诉讼案件，鉴定、评估、审计期间及报送审批期间不计入审查期限。综上所述，检察院在平时工作中发现政府机构有违法行为，其可以提出检查意见，如果政府机构没有处理，在回复期满后两个月内，检察院应该发起行政公益诉讼。检察院审查的时候，重点看政府机构行为和公共利益受损之间是否有必然联系。

一、批准逮捕和决定逮捕的办理程序有哪些？

1、批准逮捕的程序

(1)受理。检察机关对公安等侦查机关提请批捕的案件，应指定专人审查其所移送的案卷材料和证据等是否齐全，法律手续是否完备。

(2)审查案卷材料。人民检察院受理公安机关提请批捕犯罪嫌疑人的案件后，应当指定专人进行审查。审查后提出是否批准逮捕的意见。

(3)作出决定。检察人员对提请批捕的案件审查后，根据事实和法律，提出批准逮捕或不批准逮捕的意见，经部门负责人审核，报请检察长批准或者决定，重大案件应当经检察委员会讨论决定。作出决定后制作《批准逮捕决定书》或《不批准逮捕决定书》，送公安等侦查机关执行。

对公安等侦查机关要求复议、复核的不批准逮捕案件，应当及时作出是否变更的决定。

2、决定逮捕的程序

决定逮捕是指人民检察院对于直接受理侦查的案件，认为需要逮捕犯罪嫌疑人时，作出逮捕决定。

决定逮捕的程序与批准逮捕的程序基本相同。