总公司授权分公司独立开发票合法。分公司无论是否为独立核算，只要是从事生产经营，与总机构不在同一县(市)的，就应该到所在地主管税务机关办理税务登记，接受税务管理，缴纳税款，开具发票。经有权的税务机关批准汇总纳税的，按汇总纳税的规定缴纳税款开具发票。分公司可以开发票。但必须取得营业执照以及国、地税务登记证。分公司在进行了税务登记后，可以向税务局申领发票。如果分公司业务开具的是增值税发票，分为以下三种情况：

1、公司设立的分公司如果是一般纳税人就可以互相开具增值税专业发票;

2、如果分公司是小规模纳税人，只能开具普通发票，而且总公司不能抵扣;

3、小规模纳税人可以向税务部门提出申请，委托代开增值税税率为3%(自09年起不再区分工、商业，一律按照3%征收)的专用发票，但是对方公司只能3%的进项税额，从自己的销项税额中抵扣。

一、企业购进的货物用于个人消费其进项税额能否抵扣

企业购进的货物用于个人消费，其进项税额不能抵扣。

进项税额，是指纳税人购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产或者不动产，支付或者负担的增值税额。

根据税法规定，准予从销项税额当中抵扣的进项税额限于下列增值税扣税凭证上注明的增值税税款和按规定的扣除率计算的进项税额：

1、纳税人购进货物或应税劳务，从销货方取得增值税专用发票抵扣联上注明的增值税税款；

2、纳税人购进免税农产品所支付给农业生产者或小规模纳税人的价款，取得经税务机关批准使用的收购凭证上注明的价款按百分之十抵扣进项税额；

3、购进中国粮食购销企业的免税粮食，可以按取得的普通发票金额按百分之十抵扣进项税额；

4、纳税人外购货物和销售货物所支付的运费，不包括装卸费、保险费等其他杂费，按运费结算单据普通发票所列运费和基金金额按百分之七抵扣进项税额；

5、生产企业一般纳税人购入废旧物资回收经营单位销售的免税废旧物资，可按废旧物资回收经营单位开具的有税务机关监制的普通发票上注明的金额，按百分之十计算抵扣进项税额；

6、企业购置增值税防伪税控系统专用设备和通用设备，可凭借购货所取得的专用发票所注明的税额从增值税销项税额中抵扣。

二、分公司和总公司发票怎样处理

分公司和总公司发票的处理方法如下：

1、如果分公司和总公司之间是独立核算的，可以相互开发票，但开发票的时候，要注意按市场公允价格来计算劳务、商品的价值，不能按自己的需要来计算，这叫关联交易。

2、如果相互之间不是独立核算的，而且又是在同一个区域内，或者经税务机关审批同意汇总缴纳的，可以汇总来汇算企业所得税，但总、分公司之间的交易，一般不得开发票，如果属于跨区域调拨货物等增值税视同销售行为，才能开发票。