一、拒绝商标注册的绝对理由的审查，即审查申请的商标是否违反禁用条款、是否具有显著特征；

二、拒绝商标注册的相对理由的审查，即审查申请的商标与在先权利是否的冲突，故也称新颖性审查。

是指行政机关不仅要对申请材料的要件是否具备进行审查，还要对申请材料的实质内容是否符合条件进行审查。对于申请的实质审查，有的可以采取书面审查的方式，即通过申请材料的陈述了解有关情况，进行审查，但有的实质审查还需要进行实地核查，才能确认真实情况。例如，食品卫生法规定，食品卫生监督机构对食品生产经营企业和食品摊贩的申请材料进行初审后，应在规定的期限内委派食品卫生监督员深入现场进行卫生审查，对不符合卫生要求的环节，提出意见，给予指导，待改正后再进行审查，直至符合国家规定的卫生要求。又如，液化气体铁路罐车(罐体)运输许可证发证规则第七条规定：“在对液化气体铁路罐车办理审查发证或复审过程中，必要时可实地核查液化气体铁路罐车。”对于需要采取实地核查的，行政机关应当指派两名以上工作人员进行核查。行政机关工作人员在进行实地核查时，应当向当事人或其他有关人员出示执法身份证件，以表明自己正代表国家执行公务，否则当事人可以拒绝接受核查。例如，无公害农产品认证程序第九条规定：“申请材料符合要求的，但需要对产地进行现场检查的，中心应当在10个工作日内作出现场检查计划并组织有资质的检查员组成检查组，同时通知申请人并请申请人予以确认。检查组在检查计划规定的时间内完成现场检查工作。”要求行政机关派两名以上工作人员进行核查，主要是为了保证核查工作的公正性。

对于情况复杂的或者重大的行政许可，行政机关应当采取极为慎重的态度，行政机关的负责人应当集体讨论决定。情况复杂的或者重大的行政许可，一般是指涉及公共利益或者利害关系人的重大利益，对于这类行政许可，除适用一般审查程序，给申请人或利害关系人以陈述和申辩的机会，对符合听证条件的，应当按照听证程序举行听证。在作出行政许可决定前，行政机关的负责人应当集体讨论，对于审查过程中的情况进行深入分析、研究，再作出行政许可决定，从行政程序上最大限度地保障公民和组织的合法权益。